LFQ-Analyst | 蛋白质谱差异分析工具
LFQ-Analyst | 蛋白质谱差异分析工具
对于蛋白质谱的差异表达数据分析，我们之前介绍过 [[ProVision-蛋白质谱分析工具]] 这个基于的 MaxQuant 软件定量之后的 proteinGroup 数据来进行差异分析的工具。在 ProVision 当中提供了详细的数据处理和可视化的选项。但是如果只是想进行简单的差异分析并不想设置那么多选项的话。就显得有一些繁琐了。所以今天就介绍另外一个相对操作检索的分析工具：LFQ-Analyst: https://bioinformatics.erc.monash.edu/apps/LFQ-Analyst/
数据类型及算法
和 ProVision 一样，LFQ-Analyst 分析的数据也是来自于 MaxQuant 软件定量后的 proteinGroup 数据。但是不同的是，ProVsion 上传的是软件生成的原始数据。而在 LFQ-Analyst 当中则只需要上传一部分数据即可。主要上传的时候内容需要包括以下几列数据：
除了需要上传蛋白表达数据之外。还需要上传一个注释文件。这个文件需要包括三列：Label(样本名称)；condition(样本处理条件)以及 replicate(重复编号)
在准备好上面两个文件之后，就可以直接上传文件了
另外除了上面提到的数据的上传，还可以在进一步设置当中选择差异分析的 Cutoff 值，缺失值填补的算法，矫正 P 值的算法等等。
都设置好之后，点击Start Analysis就可以进行分析了。
在 ProVision 当中我们提到过，数据上传之后，会进行一些蛋白的筛选。在 LFQ-Analyst 当中也会进行这些蛋白的筛选，只不过这个工具就自己进行了。具体的筛选的原则和 ProVision 类似。如果想要了解的的可以查看：Microsoft Word - LFQ-Analyst manual final: https://bioinformatics.erc.monash.edu/apps/LFQ-Analyst/LFQ-Analyst_manual.pdf
结果呈现
点击分析之后就可以得到差异分析的结果了。首先可以看到在分析的蛋白当中，有多少个蛋白是有差异的
进一步可以看到差异分析的表格：
在差异结果的可视化当中，也同样可以通过热图和火山图进行可视化。
另外，如果想要对特定的蛋白进行可视化的话，可以在左侧选择相关的蛋白，右侧就可以呈现蛋白在不同分组的表达分布图形
再往下可以看到关于各个样本之间基本质量分析的图形。比如 PCA 图或者样本之间的相关图等等
最后，对于差异表达的结果，还可以进行 GO 和 KEGG 分析
总的来说
以上就是 LFQ-Analyst 的主要分析结果了。和 ProVision 相比，其在数据前处理当中更加的简单一些。我们可以不用选择那么多前处理的过程。而在可视化方面，ProVision 则会更加的自由，可以对图形进行不同的颜色分配。至于功能分析的内容， ProVision 多了一个 STRING 的蛋白相互作用分析。