[书籍翻译系列]数据处理必备—R安装

生信技能树jimmy

发布于 2020-03-27 17:53:40

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发布于 2020-03-27 17:53:40

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好的书籍是人类进步的阶梯，但有些人却找不到优秀的阶梯，为此我们开设了书籍翻译这个栏目，作为你学习之路的指路明灯；分享国内外优秀书籍，弘扬分享精神，做一个知识的传播者。

希望大家能有所收获！

正文

R/Bioconductor简介

5.1

安装R包

5.1.1 CRAN

Comprehensive R Archive Network CRAN是R包的最大集合。除了成功构建和安装之外，上传软件包的要求很少，因此文档和支持文件通常都很少，并且弄清楚如何使用这些软件包本身就是一个挑战。CRAN是R将搜索以查找要安装的软件包的默认存储库：

install.packages("devtools")
require("devtools")

5.1.2 Github

Github并不特定于R，任何类型的代码都可以上传。无法保证上传到github的软件包可以安装。可以使用上面安装的“devtools”软件包直接从github下载和安装R软件包。

devtools::install_github("tallulandrews/M3Drop")

Github也是一个版本控制系统，可以存储任何软件包的多个版本。默认情况下，会安装最新的“主”版本的软件包。如果您想要旧版本或开发分支，可以使用“ref”参数指定：

# different branch
devtools::install_github("tallulandrews/M3D", ref="nbumi")
# previous commit
devtools::install_github("tallulandrews/M3Drop", ref="434d2da28254acc8de4940c1dc3907ac72973135")

注意：请确保重新安装M3Drop主分支以便稍后在课程中使用。

5.1.3 Bioconductor

Bioconductor是专门用于生物分析的R包装库。它对上传有最严格的要求，包括在每个平台上安装，以及完整的文档和一个教程（称为插图），解释如何使用包。Bioconductor还鼓励使用标准数据结构或者类和编码样式或者命名约定，因此理论上，包和分析可以组合成大型管道或工作流。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")

注意：在某些情况下，有必要在上面用“ http：// ” 替换“ https：// ”，具体取决于您的互联网连接或者网络的安全功能。

Bioconductor还要求创作者支持他们的包裹，并定期发布6个月。在尝试安装课程包之前，请确保使用最新版本的bioconductor。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BiocUpgrade")

5.1.4 来源

安装包的最终方法是直接从源代码。在这种情况下，您必须下载完整构建的源代码文件，通常是packagename.tar.gz，或克隆github存储库并自行重建包。通常，只有在您自己编辑包时，或者由于因为某种原因之前的方法失败时才会执行此操作。

install.packages("M3Drop_3.05.00.tar.gz", type="source")

5.2

安装说明

本课程所需的所有包均可在此处获得（https://github.com/hemberg-lab/scRNA.seq.course/blob/master/Dockerfile）。从“RUN Rscript -e”install.packages（'devtools'）“”开始，在命令行上运行每个命令（减去“RUN”）或启动R会话并运行引号内的每个命令。请注意，在某些情况下，安装的顺序很重要，因此请确保按从上到下的顺序运行它们。