生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件
原创生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件
原创
用户10920326
修改于 2024-01-19 21:00:22
修改于 2024-01-19 21:00:22
linux环境下的软件安装
今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal，第一个指令
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh提示无法识别指令，这时候我才意识到mac自带的linux比较精简，啥软件都没有，搜了一圈，最后选择用homebrew下载wget，并且由于我还开着代理，失败了几次后终于意识到是代理的问题……
终于：
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"然后开始下wget，巨慢……下一半还报错了，发现得换源才会快：
# brew
git -C "$(brew --repo)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/brew.git
# homebrew-core
git -C "$(brew --repo homebrew/core)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-core.git
# homebrew-cask
git -C "$(brew --repo homebrew/cask)" remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask.git
brew update终于！基础工作完成了，开始下载wget：
brew install wget下好了之后，去清华的conda镜像网站下载miniconda，一开始下错了，下成Linux版了，死活安装不了……最后发现应该选mac版：
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.11.0-2-MacOSX-x86_64.sh甚至mac版的不用激活。
最后可以设置镜像，和homebrew的镜像一样，总之就是为了加快速度…………
接下来正式使用conda：
conda install fastqc -y（-y）很关键
最后加一个conda环境：
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y搞一个python版本是3的conda环境来安装fastqc、trimmomatic。
最后：
搞定！
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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