bam 转 wig 并批量处理的方法
原创bam 转 wig 并批量处理的方法
原创
引言
本文将介绍一种 bam 转 wig 并批量处理的方法。需要用到的软件是来自 Augustus 的 bam2wig.
过程
软件安装
Augustus 官方 github 地址：
GitHub - Gaius-Augustus/Augustus: Genome annotation with AUGUSTUS
对于 linux 客户端，官方提供了 apt/Docker/Singularity/Building AUGUSTUS from source 四种安装方式，由于权限及软件问题，建议编译安装，非常不推荐 docker 安装。
首先需要安装依赖 (samtools 可使用 conda 版本)：
sudo apt-get install samtools libhts-dev
git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git
cd Augustus
make augustus如果只需要使用 bam2wig, 可以：
git clone https://github.com/Gaius-Augustus/Augustus.git
cd Augustus/auxprogs/bam2wig
make
./Augustus/bin/bam2wig如果顺利的话，会打印出：
Usage: bam2wig [-r region] [-t trackname] <in.bam>
-----------------------------------------------------------------
-r Allows user to specify a target region, e.g. 'chr3L:10-250'
This option can only be used if an index file exists
See: samtools index
-t A string might be provided as track name
NOTE:File needs to be sorted by Reference ID (i.e. target name)
Use 'samtools sort <in.bam>' to such effect.软件使用
bam2wig 官方提供的使用教程：
Augustus/auxprogs/bam2wig/README.md at master · Gaius-Augustus/Augustus
由打印可知，在使用 bam2wig 之前需要先进行samtools sort, 因此正确的流程是：
## check
samtools quickcheck SRR******.bam
## sort
samtools sort SRR******.bam -@8 -o SRR******.sorted.bam
samtools stats SRR******.sorted.bam | grep 'is sorted'
## bam2wig
bam2wig SRR******.sorted.bam > SRR6131113.wig批量运行
批量的思路是先获取 data 文件夹内的所有文件名，然后对每个文件名依次检查，排序，转换。
其中，conda activate bulkrna需要设置为含samtools的环境名，Augustus/bin/bam2wig要设置为bam2wig的绝对路径。
1.get_raw_data.sh
#!/bin/bash
SHELL_FOLDER=$(cd "$(dirname "$0")";pwd)
echo $SHELL_FOLDER/data
# cd $SHELL_FOLDER/data
data_dir=$SHELL_FOLDER/data
## get filenames
samplefile="samplenames.txt"
if [ ! -d $samplefile ]; then
filenames=$(ls $data_dir)
for filename in $filenames
do
echo $filename
done > filenames.txt
### get samplenames
grep -oP ".*?(?=\.)" filenames.txt | awk ' !x[$0]++' > samplenames.txt
else
echo "$samplename exists!"
fi2.run.sh
#!/bin/bash
# 检查 env.txt 文件是否存在
if [ -f "${HOME}/env.txt" ]; then
# 如果 env.txt 存在，则运行相应的命令
while IFS='=' read -r key value; do
echo "$key=$value"
export "$key"="$value"
done < "${HOME}/env.txt"
else
# 运行其他命令
echo "env.txt 文件不存在"
fi
SHELL_FOLDER=$(cd "$(dirname "$0")";pwd)
data_dir=$SHELL_FOLDER/data
results_dir=$SHELL_FOLDER/results
mkdir -p $data_dir
mkdir -p $results_dir
echo $data_dir
cd $data_dir
# samplefile=$data_dir/samplenames.txt
samplefile=$SHELL_FOLDER"/samplenames.txt"
eval "$(conda shell.bash hook)"
conda activate bulkrna
#Run
data_dir=$SHELL_FOLDER/data
data_dir_process=$SHELL_FOLDER/data_process
mkdir -p $data_dir_process
num=$(wc -l < $samplefile)
# for i in $(seq 2 2)
for i in $(seq 1 $num)
do
echo $i
samplename=$(sed -n "${i}p" $samplefile)
# echo $samplename
# cd $data_dir_process
if [ ! -d $samplename ]; then
echo "$samplename not completed, process in $data_dir"
sample_file=${data_dir}/${samplename}.bam
samtools quickcheck ${sample_file}
echo "$samplename is checked"
sort_file=${data_dir_process}/${samplename}.sorted.bam
samtools sort ${sample_file} -@8 -o ${sort_file}
samtools stats ${sort_file} | grep 'is sorted'
Augustus/bin/bam2wig ${sort_file} > ${results_dir}/${samplename}.wig
else
echo "$samplename exists!"
fi
done > run.log结论
这是一份较为通用的处理方法。
错误解决
docker 版本 bam2wig 失败
主要遇到的问题是 docker 的存储访问问题，在容器起效之后，容器其实无法访问本机的存储空间。
所以docker run -i augustus augustus --version和docker run -i augustus bam2wig是可以使用的，但是docker run -i augustus bam2wig SRR******.bam会提示找不到文件。
引用
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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