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miniconda

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用户11076492
发布2024-04-15 19:24:06
1440
发布2024-04-15 19:24:06
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文章被收录于专栏:生信学习生信学习

一、下载

代码语言:cpp
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https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

复制最新版本链接(64位)

登录linux服务器

代码语言:cpp
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cd ~/biosoft
代码语言:cpp
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wget 链接

二、安装

代码语言:cpp
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bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh?

安装成功可见:

Thank you for installing Miniconda3!

三、激活

代码语言:cpp
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source ~/.bashrc

验证激活:

代码语言:cpp
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conda

输出信息则证明激活成果

若激活失败,删除目录,从 二、安装 步骤开始重新进行

四、添加镜像网站

代码语言:cpp
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conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

五、使用

1. 查看当前服务器上安装的所有软件列表

代码语言:cpp
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conda list

2、安装fastqc软件

代码语言:cpp
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conda install fastqc -y

安装指定版本

代码语言:cpp
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conda install fastqc=0.11.7 -y

验证fastqc软件是否安装成功

代码语言:cpp
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fastqc --help

输出内容,则安装成功

3、conda environment

查看:

代码语言:cpp
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conda info --envs

建立新环境

代码语言:cpp
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conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

激活新环境

代码语言:cpp
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conda activate rna-seq

验证新环境

代码语言:cpp
复制
fastqc

输出信息,则证明已激活

注意:

1、左键复制,右键粘贴(windows)

2、Tab可用于补齐

3、q ——quit 跳过

4、在代码后加 -y 可用于回答运行中所有的yes or no,提高效率

原创声明:本文系作者授权腾讯云开发者社区发表,未经许可,不得转载。

如有侵权,请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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