Linux shell脚本编程
原创Linux shell脚本编程
原创
这一部分内容和软件安装有部分重叠
（关于变量和环境变量）
1 Linux系统环境
- 文件系统结构：一切皆文件 / 虚拟目录的根目录，通常不会在这里存储文件 /bin 二进制目录，存放许多用户级的GNU工具 /home 主目录，Linux在这里创建用户目录 /lib 库目录，存放系统和应用程序的库文件 /media 媒体目录，可移动媒体设备的常用挂载点
Linux系统一般有4个主要部分：内核、shell、文件系统、应用程序
查看CPU信息：lscpu
查看内存信息：free -h
查看硬盘信息：df -h
查看文件大小：du -h -d 1/du -sh ~
查看系统进程与任务：
top(htop)
ps -ef
jobs
2 变量
调用变量时，要在变量前加一个$
2.1 环境变量
用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量
常见环境变量见上一篇笔记
2.2 位置参数变量
用于向命令或程序脚本中传递信息
$n:n为数字
$0代表命令本身
$1~$9代表第1~9个参数
10以上的参数需要用大括号包含，如${10}
2.3 状态变量
用于记录命令的运行结果
$?:获取执行上一个指令的执行状态返回值，返回0表示上一个命令或程序执行成功，返回的值非0表示上一个命令执行失败
2.4 自定义变量
由用户自行定义的变量
可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等
= 前后不要有空格
在单引号中，变量不会被解释
双引号中，变量被解释
因此在使用文本处理三驾马车时都用'?'，awk要直接接收到$1?$2?$3，如果用" "?$1会被shell提前展开
3 结构化语句
3.1 if条件语句
3.1.1 if条件语句的常见格式：
if进入 fi退出
3.1.2 if条件语句的常见条件
3.1.2.1 数值判断
equal： INT1 -eq INT2
两数相等返回为真
INT2和]之间也有空格！
每一个空格都要打出来！
常用：判断上一个命令是否执行成功？
3.1.2.2 字符串判断
-z STRING 如果STRING的长度为零返回为真 空为真
3.1.2.3 文件判断
！取反
3.2 for循环语句
3.2.1 for循环语句的常见格式
for i in list
do
commands
done
变量要加{ }，否则容易分辨不出变量
- 如何能打印出gene1？
list的三种方法：
1.直接写出list
2.先定义一个list变量
3.可以用命令生成，注意加反引号代表命令优先被执行
3.3 while循环语句
3.3.1 while循环语句的常见格式
while read id
do
commands
done
3.3.2 参数扩展
作用：掐头去尾
一般来说，去尾比掐头更常用
%常用
注意. *的相对位置
- 练习题
一个> 重定向 会把里面的内容清空
两个>> 表示追加
第2题先把结尾的.sra删除再加上.fastq完成替换
4 shell 脚本编程
env调用当前环境下激活的编译器
shell脚本：修改shell脚本的文件权限后，可以直接通过路径调用（充当command的作用）
file1.sh变成可执行文件，可以当作一个命令直接执行
这个命令是否在环境变量中？
不在环境变量中可通过路径来调用
复习之前的421
shell脚本：参数传递
通过位置参数可以重复利用脚本
fq2fa.sh脚本完成格式转换
shell脚本提交
1：标准输出流
2：标准误输出流
报错也和1一起输出
重点：任务提交
使用PS找出PID
-9 现在马上立刻无条件停下来这个任务
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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