除了WES/WGS，相比CNVseq来说CMA仍然是检测高分辨率ROH/UPD的最好的选择
除了WES/WGS，相比CNVseq来说CMA仍然是检测高分辨率ROH/UPD的最好的选择
前段时间 安诺优达、华大基因、贝瑞基因的CNVseq相继获证，有公众号写出了《CNVseq取代CMA只是时间问题》，但这次我要站出来为CMA说说话。
CNVseq虽然是基于低深度全基因组测序，但毕竟测序深度有限，分辨率一般只做到100kb级别，而CMA其实设计的探针也有3－4k的范围设计一个探针，而且在全基因组范围内设计了大量的backbone探针，探针分布是非常均衡的，绝大部分探针避开了高GC和非唯一比对区，按同样的100kb分辨率来说，这方面不会比CNVseq差。反而单基因CNV或外显子级别的CNV不论CNVseq还是CMA都不具优势，质量可靠的WES在这方面也许具有较高的检出率。
CNVseq要想检测ROH/UPD的话，看了两家的宣传方案。似乎贝瑞是用STR的技术来辅助有限的几种已知UPD,而安诺优达是基于多重PCR的技术对已知UPD区域的marker(一般是人群高频高杂合度的SNV，也可以是重复单元较短的STR)设计引物，将这些marker相对高深度测序获得分型从而推断是否有LOH。
而CMA有几十万的全基因组范围均匀覆盖的SNP探针，其拥有BAF与log2R两种信号协同分析，可更准确地分析100kb以上的CNV，也提供了非常高分辨率的ROH区段信息。一般单先证者CMA检测出与已知UPD区域有overlap的话就需要非常谨慎了，通过Trio CMA的孟德尔错误分析也可进一步确定LOH亲本来源，进一步区分IBD与UPD。其实IBD仍需进一步关注这些区域的纯合致病性SNV。有可能上述两家的CNVseq在非已知UPD区域的ROH基本会漏过 。
进一步提高CNVseq的测序深度和读长，达到中深度WGS的时候，生信分析的复杂度会进一步升高，医院自建的测序仪对提高到此级别的测序量的成本基本无法承受(除非医院有超高通量的测序仪、小测序仪测大数据量不划算)，这又只能回到外送模式了。而反观CMA数据量小，数据存储备份成本几乎可以忽略不计，数据分析足够简单，临床应用已多年，早就有各种指南和专家共识，在这方面的产品力还是非常高的，入院模式更容易，NGS要追赶还有路要走，赛默飞也并非停滞不前。