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经典教程：全转录数据分析实战
数据分析
工具
教程
实践
数据
本文介绍全转录组数据分析方法，我们将以拟南芥测序数据为例，在 UseGalaxy.cn 云平台进行数据分析实践。
简说基因
2024-04-03
107
0
一文读懂scRNA-seq数据分析（建议收藏）
算法
系统
数据分析
连接
数据
当我们进行单细胞数据分析时，应该始终从质量控制步骤开始，首先清理数据，以确保数据足以回答研究的问题。在此步骤之后，通常会继续进行定位（比对）或基因组组装步骤，具体取决于是否有参考基因组可供使用。
简说基因
2024-03-22
139
0
GATK最佳实践变异检测过程中的GVCF和VCF
效率
最佳实践
https
com
merge
在GATK最佳实践检测变异过程当中，当我们在调用 HaplotypeCaller 时，可以选择输出 GVCF 文件，或者 VCF 文件，这两者有什么区别呢？
简说基因
2024-03-12
453
0
文本处理三驾马车之Galaxy版awk
awk
工具
接口
数据
系统
Galaxy 平台（UseGalaxy.cn）也整合了awk 工具，可以方便地对表格数据进行报表生成。
简说基因
2024-03-01
72
0
Galaxy基础教程：从列表集合中提取元素标识符
解决方案
数据
网站
工具
集合
Extract element identifiers of a list collection (Galaxy Version 0.0.2)
简说基因
2024-03-01
87
0
Galaxy基础教程：将Paired List 变成普通 List
工具
集合
解决方案
数据
list
工具：Flatten collection (Galaxy Version 1.0.0)
简说基因
2024-03-01
76
0
文本处理三驾马车之 grep
搜索
字符串
grep
file
txt
简说基因
2024-03-01
67
0
肿瘤生信科研：绘制突变景观图（mutation landscape）
title
排序
数据
landscape
legend
肿瘤生信科研经常会画突变的景观图，或者叫瀑布图，用 maftools 包可以实现简单的 Landscape 图，但是当图形比较复杂时，maftools 就不能胜任了，可以用 ComplexHeatmap 包来画。
简说基因
2024-03-01
185
0
文本处理三驾马车之 sed
command
file
sed
stream
编辑器
简说基因
2024-03-01
78
0
文本处理三驾马车之 awk
awk
变量
数组
字符串
正则表达式
Awk 是一个强大的文本分析工具，它每次读入一条记录，并把每条记录切分成字段后进行分析。Awk 官方文档是非常好的学习材料，通过man awk查看。
简说基因
2024-02-23
128
0
Python在生物信息学中的应用：序列化Python对象
python
pickle
对象
数据
序列化
我们需要将Python对象序列化为字节流，这样就可以将其保存到文件中、存储到数据库中或者通过网络连接进行传输。
简说基因
2024-02-21
161
0
Python在生物信息学中的应用：文件不存在才能写入
python
二进制
函数
解决方案
数据
这个问题可以通过 open() 函数中鲜为人知的 x 模式替代常见的 w 模式来解决。例如：
简说基因
2024-02-21
81
0
Python在生物信息学中的应用：字典推导式
key
函数
解决方案
实践
python
可以利用字典推导式（dictionary compehension）轻松解决。例如：
简说基因
2024-02-21
64
0
Python在生物信息学中的应用：让你的程序运行得更快
函数
性能
优化
python
程序
程序优化的第一准则是“不要优化”，第二准则是“不要优化那些不重要的部分”。基于这两个原则，如果你的程序运行得很慢，你得先找出影响性能的问题所在。
简说基因
2024-02-21
87
0
Python在生物信息学中的应用：捕获所有异常
程序
函数
异常
python
测试
除了 SystemExit、KeyboardInterrupt 和 GeneratorExit 之外，上述代码能够捕获所有的异常。如果还想要捕获这三个异常，将 Exception 改为 BaseException 即可。
简说基因
2024-02-21
66
0
Python在生物信息学中的应用：在字节串上执行文本操作
python
正则表达式
data
程序
字符串
如何在字节串（Byte String）上执行常见的文本操作（例如，拆分、搜索和替换）。
简说基因
2024-02-21
76
0
Python在生物信息学中的应用：同时对数据做转换和换算
数据
python
对象
函数
解决方案
我们需要调用一个换算（reduction）函数，例如 sum()、min()、max()等，但首先得对数据做转换或筛选。
简说基因
2024-02-21
85
0
Python在生物信息学中的应用：列表推导式
python
对象
函数
内存
数据
列表推导式的使用需要注意其内存占用，当原始列表比较大时，其内存占用较高，可以使用生成器表达式通过迭代的方式产生筛选结果：
简说基因
2024-02-21
98
0
Python在生物信息学中的应用：有序字典
import
key
解决方案
内存
python
可以使用 collections 模块中的 OrderedDict 类。当对字典做迭代时，它会严格按照元素添加的顺序进行。例如：
简说基因
2024-02-21
84
0
Python在生物信息学中的应用：在字典中将键映射到多个值上
集合
解决方案
python
容器
程序员
我们想要一个能将键（key）映射到多个值的字典（即所谓的一键多值字典[multidict]）。
简说基因
2024-02-21
88
0
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