RAEdb:基于STARR-seq和MPRA数据的enhancers和Epromoters可视化
原创RAEdb:基于STARR-seq和MPRA数据的enhancers和Epromoters可视化
原创
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###1 前言
尽管之前已经有很多的数据库收集了enhancers，比如EnhancerAtlas、 VISTA Enhancer Browser、FANTOM5、 DENdb、 dbSUPER、SEA，但这些数据大部分是通过方法、模型推断的，因此其是否有真实的enhancers或promoters活性则需要打个折。
下面简要介绍一个公共数据库RAEdb(http://www.computationalbiology.cn/RAEdb/index.php#)，这个数据库的优点是实打实的汇集了大规模的实验数据。
RAEdb主要收集的数据有STARR-seq和MPRA数据。
截至目前为止，该网站包含500,000 个enhancers 、7500 个 Epromoters 、55 个样本、8 项研究。
STARR-seq：该方法是用来评估启动子区域的增强子活性。 Epromoters: 指的是既可以作为promoters 同时可以作为远端基因的enhancers
###2 鉴定enhancers和epromoters的流程
enhancers和epromoters的鉴定流程如下图：
主要是从GEO数据库搜集目前已发表的STARR-seq和MPRA数据，然后分别进行Enhancer peak calling ，鉴定具有enhancers和Epromoters活性的序列。
###3 RAEdb数据库的功能种类
下图是RAEdb数据库所包含的功能种类。
第一个功能是可以浏览、查阅。查阅的方式多样，可以是按照研究队列的方式，也可以是按照序列、基因、位置等方式。
我测试了一下，这个网站的查询方式不是很灵活，他们是按照匹配度查询的。
比如1号染色体的9975360-9975398序列有enhancer活性，如果输入9975363，则显示查询不出来。当输入9975时，则有结果。
第二个功能是可以在基因组上可视化enhancers、histone modification。
第三个功能是可以下载，该网站提供了FASTA和BED两种格式，按照研究队列下载。
今天的推荐就讲到这里，如果你研究的SNP刚好在基因间隔区，又刚好找不到它有什么功能报道，那就试试这个网站，说不定有惊喜哦。
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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