问题之书-Rtudio中基础R问题汇总
问题之书-Rtudio中基础R问题汇总
Listenlii-生物信息知识分享
发布于 2021-04-20 18:10:33
发布于 2021-04-20 18:10:33
问题之书
一、序
四、Rtudio中基础R问题汇总
已经太久没有遇到很基础性的问题，因此很多刚开始学代码时候的问题已经忘了。因此写这部分并没有那么容易，要拼命回忆可能的常见问题。
对于代码问题，你一定要相信的是：
一定是自己的问题！代码一定没问题！
一定是自己的问题！代码一定没问题！
一定是自己的问题！代码一定没问题！
4.1 先解决一半问题
千万不要害怕！一半问题都是自己吓自己造成的。
只要你不怕，恭喜你，问题就已经解决了一半啦！
4.2 找到出现问题的地方
经常有人问我问题的时候，截一张报错的图片给我，一片红，根本不知道从哪开始报错的。
这样是没有用的，别人根本不会知道是哪里报了错，也没办法帮你解决！
你要先逐行往上查找，找到是从哪一行开始出现报错信息；或者输出文件是空的；或者出现了NA；或者全是0。
再从出现问题的这一行查找可能的原因。
4.3 代码红了怎么办？
- 首先确认出现的是Warming还是Error。 如果是Warning，恭喜，问题解决啦！Warning是一些警告信息，一般不会影响输出，可继续往下跑。可使用： options (warn = -1) 屏蔽警告信息。
- 如果是Error，最简单的办法就是复制这条Error信息到浏览器搜索。我相信90%以上都会有答案。多用几个浏览器试试，不同浏览器结果可能不一样。中文浏览器搜不到就试试Bing或Google。英文报错信息搜不到就翻译一下搜中文。
4.4 查询帮助文档&网上搜索
- 看这个函数的帮助文档，这是我最常回复别人的话。
问这个函数怎么用、这个函数怎么结果报错了、这个函数其中几个参数是什么意思，请自行查看函数帮助文档。要么是你输入文件格式不对，要么是文件内容不对，要么是你函数的使用格式不对。
因此就可以从两个方向进行检查：
看文件格式和内容；
看函数使用方法。
对于函数使用，比如我们要看vegan包diversity这个函数的用法，方法如下：
#1.vegan包的函数都可以用?vegan找到。注意所有问号必须是英文的问号。
?vegan
# 右下角的Help会出来vegan里面所有的函数信息，找到你需要的即可。
#2. 直接?diversity
?diversity
help(diversity) #这样也可以4.5 显示中文
如果你的代码里有中文，但是没有正确显示。可以依次点左上角File-Reopen with Encoding：
选择UTF-8试试。如果还不行，就选GB开头的，一定能显示中文。
4.6 输入输出
- 输入文件格式不对是十分常见的问题。检查文件格式，建议用notepad++这个软件打开，看看有没有多余的字符。如果数据是Excel弄好，有时候可能会多出来几行或者几列空的东西。这个在Excel里面是看不出来的。
- R中读入文件的时候，read.table()或read.csv()最常用。注意里面的参数设置，数据的第一列做不做为行名（row.names=1）；数据第一行是不是表头（header=T），还是直接就是数据（header=F）;文件的分隔符是什么，是Tab还是其他字符（sep=“\t”）。 尤其是对于分组文件，变化可能较多。有的需要读表头或行名，有的不需要。很大程度上看写代码人的习惯。 有问题一定要?read.table看文档！
#常见的OTU表读入：Tab分割，有行名（OTU编号），有表头（样本名）
OTU = read.table("otu.txt", sep="\t", row.names=1,header=T )- 文件的输出一般有两种基本形式：
- 如果是数据框，可以用write.table()，write.csv()之类的。参数和读入数据基本一致。注意默认输出是有引号的，可用quote = FALSE去掉引号。另外还有一个新手会遇到的问题，输出的文件第一行和下面的内容会错一行。可使用col.names=NA，左上角会空一格，这样数据就对齐了。
#一个例子
write.table(result,file="result.txt",quote=F,sep="\t",col.names = NA)- 如果不是数据框格式的，用sink()函数输出。sink固定模式如下：
sink("out.txt") #第一行为自己命名输出文件的名字
file1 # 每一行跟一个要输出的文件，几个无所谓。最后全都会写到out.txt
file2
file3
sink() #这一行必须是这样，不改。- 路径中有中文
虽然Rstudio可以识别中文，大部分时候没有问题，但是还是在一些情况下可能报错，比如开发R包的时候。如果确认是字符的问题，可以试试全英文路径。
我暂时想到这么多，欢迎读者在评论区留言你遇到的觉得比较基础且重要的问题。
慢慢补充进来~
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原始发表：2021-04-02，如有侵权请联系?cloudcommunity@tencent.com 删除
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