table1 | 一秒搞定你的三线表
原创
1. 需要的包
rm(list=ls())
library(dplyr)
library(table1)2. 示例数据
- 本次使用的是大名鼎鼎的iris，这里你可以替换成你的数据
dat <- iris %>%
mutate(.,color = rep(c("red","blue","green"), each = 50)) %>%
mutate(.,group = rep(c("big","small"), each = 75)) #在这里新增2列，后面会用到 （无中生有！,,???,,）
view(dat) #数据不大, 这里就view一下吧~ ?????
3. 给变量添加单位（可选）
- 这里以变量Sepal.Length和Sepal.Width为例，添加单位，将在三线表中显示。
units(dat$Sepal.Length) <- "mm"
units(dat$Sepal.Width) <- "mm"4. 开始绘制三线表
4.1 初步绘制
table1(~ Sepal.Length +
Sepal.Width +
Petal.Length +
Petal.Width, # 以上均为变量
data=dat, # 你的数据
overall = "Total")
4.2 分组绘制 （单变量分组）
- 以Species为分组变量进行统计
table1(~ Sepal.Length +
Sepal.Width +
Petal.Length +
Petal.Width | Species, #Species为分组变量
data=dat, # 你的数据
overall = "Total")
4.3 分组绘制 （双变量分组）
- 由于iris没有第二个分组变量，我们在之前新增了一列color作为分层变量
table1(~ Sepal.Length +
Sepal.Width +
Petal.Length +
Petal.Width | Species*color, #Species为分组变量,color为分层变量
data=dat, # 你的数据
overall = "Total")
- Note: 这里大家要注意var*var前后顺序，意义是不一样的，我们调换一下Species和color的顺序
table1(~ Sepal.Length +
Sepal.Width +
Petal.Length +
Petal.Width | color*Species, #color为分组变量,Species为分层变量
data=dat, # 你的数据
overall = "Total")
5. 填加统计值
5.1 自定义函数计算统计值
- 这个包美中不足的地方，没有统计值啊~，大家复制这段代码添加统计值
pvalue <- function(x, ...) {
# Construct vectors of data y, and groups (strata) g
y <- unlist(x)
g <- factor(rep(1:length(x), times=sapply(x, length)))
if (is.numeric(y)) {
# For numeric variables, perform a standard 2-sample t-test
p <- t.test(y ~ g)$p.value
} else {
# For categorical variables, perform a chi-squared test of independence
p <- chisq.test(table(y, g))$p.value
}
# Format the p-value, using an HTML entity for the less-than sign.
# The initial empty string places the output on the line below the variable label.
c("", sub("<", "<", format.pval(p, digits=3, eps=0.001)))
}
stats <- function(x, ...) {
y <- unlist(x)
g <- factor(rep(1:length(x), times=sapply(x, length)))
if (is.numeric(y)) {
s <- t.test(y ~ g)$statistic
} else {
s <- chisq.test(table(y, g))$statistic
}
c("", sprintf("%.4f", s))
}5.2 绘制带统计值的三线表
table1(~ Sepal.Length +
Sepal.Width +
Petal.Length +
Petal.Width | group,
data=dat,
overall = F,
extra.col=list(`P-value`=pvalue, `statistic`=stats))
最后祝大家早日不卷!~
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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