DAY3-白雪

原创

用户10300557

发布于 2023-01-11 21:10:05

4190

发布于 2023-01-11 21:10:05

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微信公众号生信星球

Linux系统软件安装

miniconda

1，软件下载器，多数软件都可搜到

引用自微信公众号生信星球

miniconda 下载到服务器上

1 wget 空格加下载网址 #下载minicoda

wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh #enter

2 查看是否下载了

bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ ls                                                                          
Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

3 安装

bash #命令处理器，执行要操作的命令

bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Please, press ENTER to continue

出现这个代码按enter

之后会出现more,是还有更多，让enter翻页的意思，持续按enter，第一个enter下来是空白行，不要担心继续往下按，直到出现

Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>> 
Please answer 'yes' or 'no':'

输入yes，继续enter然后就是该enter就enter，该yes就yes

4 激活

.bashrc 是home目录下的一个shell文件，用于储存用户的个性化设置。

source FileName是指在当前bash环境下读取并执行FileName中的命令。

每次修改.bashrc后，使用以下命令就可以立刻加载修改后的设置，使之生效。source ~/.bashrc

所以说激活过程也就是使其生效的过程

bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$

命令行输入conda出现满屏的信息则证明成功

5添加镜像

为什么要添加镜像，

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

conda config #指conda的内核配置文件

--add channels xxxxx是指添加channels

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes #从channel中安装包时显示channel的url，这样就可以知道包的安装来源了

6 开始使用conda

(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda list #查看当前服务器上安装的所有软件列表

安装软件

(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda install fastqc -y

是指conda 安装fastqc,-y是yes的意思过程中conda问的问题全部回答yes

默认安装最新版fastqc,也可以指定版本号

输入conda install fastqc=0.11.7 -y

确认fastqc是否安装成功

(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ fastqc --help #查看fastqc的帮助文件，弹出很多证明安装成功

卸载软件，输入

conda remove fastqc -y

7 conda分身

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。

每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda nvironment”。

先查看conda有哪些环境

(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio02/miniconda3 #前面带*的就是默认的

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)

创建新环境 (base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 代码意思如上所示
再次查看conda环境

(base) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                  *  /home/bio02/miniconda3
rna-seq                  /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq

激活新的环境rna-seq

bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                     /home/bio02/miniconda3
rna-seq               *  /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq

退出当前环境

(rna-seq) bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda deactivate
bio02@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ conda info --envs
# conda environments:
#
base                     /home/bio02/miniconda3
rna-seq                  /home/bio02/miniconda3/envs/rna-seq

复习