小站工具网站功能总结：查询基因在肿瘤中的表达情况+火山图+GSEA+Survival+ROC+ENSG注释，
小站工具网站功能总结：查询基因在肿瘤中的表达情况+火山图+GSEA+Survival+ROC+ENSG注释，
工具入口：
www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2
1、火山图
根据数据来源有两个种模式：
第一种：从TCGA数据中筛选
1.勾选FromTCGAdata选项，在下拉菜单中选择肿瘤。
2.如果你需要筛选lncRNA：勾选Need Annotation和FilterLnc，这个时候已经可以看到结果了。如果不需要这步不需要操作。
3.勾选Select gene，在表格中找到自己想呈现的lncRNA，点击DownloadPlotPdf下载结果。
第二种：DIY数据
一、输入的表格要求：
1、格式为csv！！！
至少要有三列：分别是
基因名（Gene Symbol），倍数（log2FlodChange），p值（padj），在右上那几个列名中分别填写自己表格中各列的名字。以测试数据为例：分别填写，logFC，p，Symbol。
二、如果geneID是ENSG，内置注释功能，点选Need Annotation输入ENSG列名。
二、如果geneID是ENSG，内置注释功能，点选Need Annotation输入ENSG列名。
图像修饰
1.火山图加上自己配色选项。之前站长精选配色依然可以选择，如果想自己DIY，请选择YouLike，然后在调色板选颜色，火山图会实时更新。
2.升级指示基因功能。可以实现单选多选，并与表格交互。你想选哪个基因，在右边表格点一下。左边图就会更新。
ps出现红色的提示不要担心，记得把Select Gene那个勾上。
3.优化输出。图片可以直出矢量pdf，不用担心图像因为页面大小变形，输出的pdf是正常的，这样在手机上也可以使用。
下面这个是使用视频教程。
2、GSEA使用方法：
1、数据准备：
1）格式csv，在上1的位置输入。
2）如果基因名是ENSGxxxx的不要担心，在2的位置ENSG所在那列的名字。在3的地方勾选。下面的456就不要改动了。
3）如果是芯片数据，或者自己DIY的数据，数据中至少应该包括：倍数列，p值列，基因名列。分别在图中4、5、6填入。以测试数据为例：分别填写，logFC，p，Symbol。注意！这时在3的地方不要勾选。
2、出表出图：
1）图中右上角的表格是GSEA的结果，10的位置可以下载。
2) 下面的图是GSEA的结果图，可以在表格中选择想画图的基因集ID。这里可以多选(最多10个），11的位置下载的是GESA的PDF图像。
3）7的位置准备了三个配色方案可选择
4）在8的位置选择Geneset，c1站长从来没用过，直接去掉。选择c2的时候要等待15秒右下角有进度条。
3、根据AUC与单因素COX结果筛选的生存曲线+ROC图
这里大大的感谢：Daying！
1、数据准备：
1）格式csv。其中包括生存期数据（时间+事件状态）例如这样：
2、运行
2）输入进去以后，你需要等待～～因为第一步是批量并行计算单因素COX+AUC，这个过程站长测试，200基因x150样本，至少要1分钟。一般要等1分钟，结果出来以后右上角那个表格会有变化。
3）右上角的表格可以进行，各列筛选，比如5年生存期AUC>0.7 & 单因素COX p<0.05 & prognosis is bad。
4）选择你要的那个基因，以后下面会自动生成ROC与生存期曲线。
3、输出
5）当然可以调色
6）当然可以下载，了解站长的应该知道怎么下。
同学们看黑板，这里要重点说明一下！！！！！
批量COX+AUC真的很吃机！
站长服务器cpu是10核20线程的单cpu，试过跑2000基因就要3分钟了，推测跑40000个基因要跑1个小时。
求诸位放过站长的服务器和家里的电费。
基因筛选一下在跑，最好是200个基因x200以内个样本。
如果跑的过程中，出现
画面不动的情况，千万别盯着，去刷刷朋友圈，看看站长的教程。
如果没有结果过了五分钟还没有出现，要淡定，去筛筛自己的基因，缩小一下范围。再来一次！
可能有同学要问，站长加一个cpu不就解决问题了！
嗯，这个同学很聪明！
加个cpu大概需要5000RMB，
但是，因为钱都给娃买奶粉了，真的加不起了！
如果真的想更好的体验这个工具，只能靠大家自己了。
站长开了赞赏通道，网站来源的赞赏，都用于升级服务器使用。
升级了也能为大家更好的服务。
在这里谢谢大家了～