小站工具日常小更新！这次是注释功能，可以选择用基因名、ENSG或者EntrezID注释了~
小站工具日常小更新！这次是注释功能，可以选择用基因名、ENSG或者EntrezID注释了~
能用鼠标解决的事，绝对不用代码！
你需要这个工具 Easy Tools v1.5 下面网址是工具入口：
www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/
1.5更新内容
1、在1的位置输入，表格要求csv格式。在7的位置可以查看输入表格的结果。
2、在2的位置填写注释那列的列名。如果注释列为行名（rownames）,注意这里需要填X。
3、在3的位置选择用什么注释，可以是ENSG，基因名或EntrezID。
4、如果需要EntrezID的内容在4这里打钩，如果3的位置选EntrezID默认打钩。
5、如果需要提取lncRNA(long noncoding RNA)在5这打钩
6、在8的位置会显示注释位置。
7、在6的位置点击下载注释以后的表格。
火山图的使用方法：
一、输入的表格要求：
1、格式为csv！！！
至少要有三列：分别是
基因名（Gene Symbol），倍数（log2FlodChange），p值（padj），在右上那几个列名中分别填写自己表格中各列的名字。
二、如果geneID是ENSG，内置注释功能，点选Need Annotation输入ENSG列名。
1.3更新内容：
去掉了ployly渲染，那个渲染交互真的很好。但是有两个缺点一个是不能输出矢量pdf图，另外一个就是太卡了。所以站长舍弃了ployly，自己操刀实现了几个经常用到的交互功能。
1.火山图加上自己配色选项。之前站长精选配色依然可以选择，如果想自己DIY，请选择YouLike，然后在调色板选颜色，火山图会实时更新。
2.升级指示基因功能。可以实现单选多选，并与表格交互。你想选哪个基因，在右边表格点一下。左边图就会更新。
ps出现红色的提示不要担心，记得把Select Gene那个勾上。
3.优化输出。图片可以直出矢量pdf，不用担心图像因为页面大小变形，输出的pdf是正常的，这样在手机上也可以使用。
下面这个是使用视频教程。
One More Thing.......
配合AnnoE的功能，可以实现提取LncRNA后做火山图，具体操作看下面：
1.2更新内容：
如果想选某个基因，在2的位置勾选，在1的位置填写准确填写基因SYMBOL（如果不知道准确信息，可以到Geneinfo中去查询）
3的位置是下载火山图pdf的位置，图生成完点击就好！
当然这个工具还可以实现
1、基因信息查询
之前需要输入准确的基因名字，现在可以实现一丢丢模糊搜索：
不必记住全名，输入几个字母，就能返回结果，可以在下面列表查看结果。
如果是ENSG开头的，还是要输入准确的～
这个工具是夸平台的，
手机，平板，电脑都可以，
只要在浏览器输入下面这个网址：
www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/