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社区首页 >专栏 >鼠标点三次火山图就做成了,小站工具|Easy Tools v1.2更新啦,添加图像矢量图pdf下载,渲染速度更快,可指示基因哦~

鼠标点三次火山图就做成了,小站工具|Easy Tools v1.2更新啦,添加图像矢量图pdf下载,渲染速度更快,可指示基因哦~

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Chris生命科学小站
发布2023-02-28 21:45:28
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发布2023-02-28 21:45:28
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能用鼠标解决的事,绝对不用代码!

只想用生信分析注释个基因,找找lncRNA,做个火山图图来展示结果,还不想学习写代码,怎么办?

Easy Tools v1.2 可以满足你的要求,下面网址是入口:

www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/

站长知道大家更喜欢点点鼠标,就得到结果!

为了帮助这绝大多数人,站长开发了这套网站工具,

更新内容,重点讲解:

如果想选某个基因,在2的位置勾选,在1的位置填写准确填写基因SYMBOL(如果不知道准确信息,可以到Geneinfo中去查询)

3的位置是下载火山图pdf的位置,图生成完点击就好!

重点介绍如何用这个网站画漂亮的火山图:

使用教程:

需要注意的事:

一、输入的表格要求:

至少要有三列:分别是

基因名(Gene Symbol),倍数(log2FlodChange),p值(padj)

二、如果geneID是ENSG,内置注释功能,当然筛选lncRNA做火山图也只能在这种情况下使用。

三、更改完参数,刷新要等待10-20秒。这个速度站长也忍不了,以后会优化,敬请关注!

当然这个工具还可以实现

1、基因信息查询

之前需要输入准确的基因名字,现在可以实现一丢丢模糊搜索:

不必记住全名,输入几个字母,就能返回结果,可以在下面列表查看结果。

如果是ENSG开头的,还是要输入准确的~

2、基因注释ENSG to gene name,这个来源可是TCGA,Xena,还有自己的测序结果。

3、可以注释EntrezID和提取LncRNA

以上注释结果都可以下载到本地。

这个工具是夸平台的,

手机,平板,电脑都可以,

只要在浏览器输入下面这个网址:

www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2

网站工具近期会完成热图,火山图功能,

以后会上线TCGA转录组肿瘤vs正常差异基因提取,敬请期待~

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原始发表:2019-04-06,如有侵权请联系?cloudcommunity@tencent.com 删除

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