能用鼠标解决的事,绝对不用代码!
只想用生信分析注释个基因,找找lncRNA,做个火山图图来展示结果,还不想学习写代码,怎么办?
Easy Tools v1.2 可以满足你的要求,下面网址是入口:
www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2/
站长知道大家更喜欢点点鼠标,就得到结果!
为了帮助这绝大多数人,站长开发了这套网站工具,
更新内容,重点讲解:
如果想选某个基因,在2的位置勾选,在1的位置填写准确填写基因SYMBOL(如果不知道准确信息,可以到Geneinfo中去查询)
3的位置是下载火山图pdf的位置,图生成完点击就好!
重点介绍如何用这个网站画漂亮的火山图:
使用教程:
需要注意的事:
一、输入的表格要求:
至少要有三列:分别是
基因名(Gene Symbol),倍数(log2FlodChange),p值(padj)
二、如果geneID是ENSG,内置注释功能,当然筛选lncRNA做火山图也只能在这种情况下使用。
三、更改完参数,刷新要等待10-20秒。这个速度站长也忍不了,以后会优化,敬请关注!
当然这个工具还可以实现
1、基因信息查询
之前需要输入准确的基因名字,现在可以实现一丢丢模糊搜索:
不必记住全名,输入几个字母,就能返回结果,可以在下面列表查看结果。
如果是ENSG开头的,还是要输入准确的~
2、基因注释ENSG to gene name,这个来源可是TCGA,Xena,还有自己的测序结果。
3、可以注释EntrezID和提取LncRNA
以上注释结果都可以下载到本地。
这个工具是夸平台的,
手机,平板,电脑都可以,
只要在浏览器输入下面这个网址:
www.chrislifescience.club:3838/R/AnnoE2
网站工具近期会完成热图,火山图功能,
以后会上线TCGA转录组肿瘤vs正常差异基因提取,敬请期待~