Linux 脚本-echo for while if

原创

用户10412487

发布于 2023-04-04 20:22:11

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文章被收录于专栏：生信技能树-R生信技能树-R

linux 系统环境

lscpu #查看服务器信息 pic1

free -h #查看内存 pic2

df -h #查看硬盘信息 pic3

du -h -d 1 pic4
Mar402 15:45:28 ~
$ du -sh ~ #显示文件大小的总数
4.0G    /trainee/Mar402

top # 查看系统进程与任务 pic5 （q退出）
htop #是top的高级版 自己的服务区用conda安装 pic6

ps -ef #pic7

Linux 系统环境查看总和 pic8

变量

变量:环境变量、状态变量、位置参数变量、自定义变量，

调用变量时，要在变量前面加一个 $ 符号

? 环境变量:用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量 ? 状态变量:用于记录命令的运行结果

? 位置参数变量:用于向命令或程序脚本中传递信息

? 自定义变量:由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等

自定义变量

自定义变量:由用户自行定义的变量，可用于用户编写的脚本，多个命令间的值传递等(注:= 前后不要有空格)

Mar402 16:15:45 ~
$ a=gene
Mar402 16:25:21 ~
$ echo 1234
1234
Mar402 16:25:30 ~
$ echo
Mar402 16:25:32 ~
$ echo $a
gene
Mar402 16:25:44 ~
$ echo 'This is a $a' #单引号里变量不会被解释
This is a $a
Mar402 16:27:05 ~
$ echo "This is a $a" #双引号里 变量会被解释，$a原本被赋予的值(gene)
This is a gene

环境变量

环境变量:用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量

常见环境变量:

? $HOME:当前用户的主目录

? $PATH:shell查找命令的目录列表，由冒号(:)分隔。

? $SHELL:bash shell的全路径名

? $LOGNAME:当前用户的登录名

? $PS1:shell命令行界面的主提示符

Mar402 16:27:29 ~
$ ls  # 为什么输入ls就有内容，它需要满足环境变量的三个条件 pic9
bget                             file3                          Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  tmp2
bget_0.3.2_Darwin_64-bit.tar.gz  gi                             mydir                              tmp2.fa
bin                              hisat2-2.1.0                   README.md                          tmp.fa
catfile                          hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip  readme.txt                         Trimmomatic-0.39
Data                             LICENSE                        RNA.env.txt                        Trimmomatic-0.39.zip
file                             md5                            samtools-1.14
file2                            miniconda3                     tmp1
Mar402 16:34:02 ~
$ which ls       #条件1 ls真实存在于这个服务器上，在bin下面
/bin/ls
Mar402 16:34:10 ~
$  ll /bin/ls     #条件2 有可执行权限
-rwxr-xr-x 1 root root 133792 Jan 18  2018 /bin/ls*
Mar402 16:36:14 ~
$ echo $PATH | tr ':' '\n'  #条件3 存在的路径在PATH这个变量中
/trainee/Mar402/bin
~/bin
/trainee/Mar402/miniconda3/condabin
/usr/local/sbin
/usr/local/bin
/usr/sbin
/usr/bin
/sbin
/bin
/usr/games
/usr/local/games
/snap/bin
-----满足上面三个条件才可调用（全局调用脚本）-----

改变权限

-rw-rw-r--   1 Mar402 Mar402    33 Mar 27 15:55 file3
ar402 16:55:53 ~
$ chmod u+x file3 #ch(change) u(用户者) +文件名
Mar402 16:56:38 ~
$ ll file3
-rwxrw-r-- 1 Mar402 Mar402 33 Mar 27 15:55 file3*
Mar402 16:56:48 ~
$ chmod 777 file3 #开到最大权限
Mar402 17:36:44 ~
$ ll file3
-rwxrwxrwx 1 Mar402 Mar402 33 Mar 27 15:55 file3*
#删除权限用 “-”号 pic10

状态变量

Mar402 17:36:53 ~
$ echo $?  #$?上一个命令是否执行成功 0 为成功，非零则是出错了
0

未知参数变量 pic11

结构化语句

if 条件语句常见的格式 pic12

if 语句数值判断 pic13

Mar402 18:10:14 ~
$ if [ 1 -eq 1 ]  #[] 里要打空格 1-eq1可以连着写
> then
> echo "ok"
> else
> echo "???"
> fi
ok

if 字符串判断 pic12

例子见ppt

if 文件判断 pic 13

for循环结构 pic14

Mar402 18:10:51 ~
$ for i in 1 2 3 4 5
> do
> echo ${i} 'hi'
> sleep 3s #中间暂停3秒在输出下一个
> done
1 hi
2 hi
3 hi
4 hi
5 hi

(base) Mar402 19:06:15 ~
$ for i in ${list}
> do
> echo "This is a ${i}"
> done
This is a CDS
This is a exon
This is a gene

(base) Mar402 19:07:00 ~
$ for i in {1..5}
> do
> touch file${i}
> done
(base) Mar402 19:18:14 ~
$ ls file*
file  file1  file2  file3  file4  file5
(base) Mar402 19:18:38 ~
$ for i in `ls file*`
> do
> mv ${i} ${i}.txt
> done
(base) Mar402 19:19:40 ~
$ ls file*
file1.txt  file2.txt  file3.txt  file4.txt  file5.txt  file.txt

while 循环

(base) Mar402 19:19:40 ~
$ ls file*
file1.txt  file2.txt  file3.txt  file4.txt  file5.txt  file.txt
(base) Mar402 19:19:47 ~
$ ls file* | while read id
> do
> mv ${id} ${id}.txt
> done
(base) Mar402 19:23:02 ~
$ ls file*
file1.txt.txt  file2.txt.txt  file3.txt.txt  file4.txt.txt  file5.txt.txt  file.txt.txt

(base) Mar402 19:26:35 ~
$ cat config
file1.txt.txt
file2.txt.txt
file3.txt.txt
file4.txt.txt
file5.txt.txt
file.txt.txt
(base) Mar402 19:26:45 ~
$ cat config | while read id
> do
> mv ${id} ${id%.txt} #加了个%删掉一个txt
> done
(base) Mar402 19:28:15 ~
$ ls file*
file1.txt  file2.txt  file3.txt  file4.txt  file5.txt  file.txt

结构化语句—参数扩展掐头去尾（改变文件格式） pic15

例子 pic 16

(base) Mar402 19:28:50 ~
$ id=example.txt.fa
(base) Mar402 19:33:09 ~
$ echo ${id}
example.txt.fa
(base) Mar402 19:33:16 ~
$ echo ${id#*.}
txt.fa
(base) Mar402 19:33:43 ~
$ echo ${id#*e}
xample.txt.fa
(base) Mar402 19:34:44 ~
$ echo ${id##*.}
fa

转换文件格式

(base) Mar402 19:34:53 ~
$ echo ${id%.*}
example.txt
(base) Mar402 19:35:57 ~
$ echo ${id%%.*}
example
(base) Mar402 19:36:19 ~ #从尾巴开始去，再添加
$ echo ${id%.*}.fq
example.txt.fq

参数扩展替换 (格式替换) pic17

(base) Mar402 19:42:18 ~
$ echo ${id/fa/fq}
example.txt.fq

#查询有多少个字符
(base) Mar402 19:42:43 ~
$ echo ${#id}
14
(base) Mar402 19:46:53 ~
$ echo ${id:3} $Linux是从0开始，从第4个字符取到最后
mple.txt.fa
(base) Mar402 19:48:31 ~
$ echo ${id:3:5} #从第4个字符开始往后取5个字符
mple.
(base) Mar402 19:48:38 ~
$ echo ${id:3:-1}
mple.txt.f

(base) Mar402 19:50:06 ~
$ for i in {1..10}
> do
> touch SRR12345${i}.fastq
> done
(base) Mar402 19:59:02 ~
$ ls *fastq
SRR1234510.fastq  SRR123453.fastq  SRR123456.fastq  SRR123459.fastq
SRR123451.fastq   SRR123454.fastq  SRR123457.fastq
SRR123452.fastq   SRR123455.fastq  SRR123458.fastq
(base) Mar402 20:00:28 ~
$ ls *fastq | while read id; do echo "fq2fa.sh ${id} > ${id%.*}.fasta"; done
fq2fa.sh SRR1234510.fastq > SRR1234510.fasta
fq2fa.sh SRR123451.fastq > SRR123451.fasta
fq2fa.sh SRR123452.fastq > SRR123452.fasta
fq2fa.sh SRR123453.fastq > SRR123453.fasta
fq2fa.sh SRR123454.fastq > SRR123454.fasta
fq2fa.sh SRR123455.fastq > SRR123455.fasta
fq2fa.sh SRR123456.fastq > SRR123456.fasta
fq2fa.sh SRR123457.fastq > SRR123457.fasta
fq2fa.sh SRR123458.fastq > SRR123458.fasta
fq2fa.sh SRR123459.fastq > SRR123459.fasta
# 方法二替换
(base) Mar402 20:07:35 ~
$ ls *fastq | while read id; do echo "fq3fa.sh ${id} > ${id/fastq/fasta}"; done
fq3fa.sh SRR1234510.fastq > SRR1234510.fasta
fq3fa.sh SRR123451.fastq > SRR123451.fasta
fq3fa.sh SRR123452.fastq > SRR123452.fasta
fq3fa.sh SRR123453.fastq > SRR123453.fasta
fq3fa.sh SRR123454.fastq > SRR123454.fasta
fq3fa.sh SRR123455.fastq > SRR123455.fasta
fq3fa.sh SRR123456.fastq > SRR123456.fasta
fq3fa.sh SRR123457.fastq > SRR123457.fasta
fq3fa.sh SRR123458.fastq > SRR123458.fasta
fq3fa.sh SRR123459.fastq > SRR123459.fasta

(base) Mar402 20:08:22 ~
$ id=example
(base) Mar402 20:09:29 ~
$ fastqc ~/Data/${id}.fq
null
Started analysis of example.fq
Approx 100% complete for example.fq
Analysis complete for example.fq
(base) Mar402 20:10:58 ~
$ if [ $? -eq 0 ]
> then 
> echo "yes!"
> else
> echo "no"
> fi
yes!

(base) Mar402 20:15:42 ~
$ for i in {1..10}
> do
> touch file${i}
> done
(base) Mar402 20:16:16 ~
$ ls file*
file1  file10  file2  file3  file4  file5  file6  file7  file8  file9

(base) Mar402 20:19:01 ~
$ ls file*
file1  file10  file2  file3  file4  file5  file6  file7  file8  file9
(base) Mar402 20:19:18 ~
$ ls file* | while read id
> do
> echo "hi!" > ${id}
> done
(base) Mar402 20:20:06 ~
$ ll -thr file*
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file8
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file7
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file6
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file5
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file4
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file3
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file2
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file10
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file1
-rw-rw-r-- 1 Mar402 Mar402 4 Apr  4 20:20 file9
(base) Mar402 20:20:28 ~
$ cat file10
hi!

---来自生信技能树---

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。

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