生信星球学习小组Day7-测序知识 Jerry
原创生信星球学习小组Day7-测序知识 Jerry
原创
今天是学习小组学习的第7天，主要是学习测序知识
1. 测序过程和原理
早在1954年，Whitfeld等就提出了测定多聚核糖核苷酸链的降解法，该方法利用磷酸单酯酶的脱磷酸作用和高碘酸盐的氧化作用从链末端逐一分离寡核糖核苷酸并测定其种类。目的就是想通过这种一个一个“数”的方法来得到DNA的碱基顺序。
但DNA很小，有四级结构。31亿对碱基，于是，70年代的Sanger发明了“双脱氧终止反应法”，他就是利用了双脱氧核苷酸 ddNTP去摸索DNA分子。
Sanger测序
有了早期的第一次测序成功，才有了后来1983年的Kary Mullis 发明PCR测序仪，利用PCR才有了我们更加效率的NGS（二代测序）。进步的是方法，不变的是基本理念。
图文来自简书刘小泽 测序的世界
2. 有哪些类型的测序
a. 第一代测序
桑格尔-双脱氧链终止法是最为经典的一代测序技术，至今仍是测序行业的金标准。人类基因组计划（HGP）主要基于第一代测序技术。但成本高、通量低的传统测序技术不能满足深度测序和重复测序等大规模基因组测序的要求。
b. 第二代测序
第二代DNA测序技术(next generation sequencing，NGS )-循环阵列合成测序法。
二代测序大幅度提高了测序速度，降低了测序成本，保持了高准确性。缺点是读长短，拼接困难，pcr技术增加了测序的错误率。
c. 第三代测序
以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies 的纳米孔单分子测序技术为标志，不需要经过PCR扩增，超长读长，可达二代测序的100倍以上，实现了对每一条DNA分子的单独测序。错误率比二代要高，达到10-15%。
图文来自微信公众号生信星球
图文来自微信公众号美格科服 测序技术原理及常用数据格式简介
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