Day3-Linux安装软件
原创Day3-Linux安装软件
原创
用户11009106
发布于 2024-03-06 20:45:12
发布于 2024-03-06 20:45:12
一、认识miniconda
conda是一款软件管理软件，相当于windows里面的应用商店；
anaconda包含了数据科学和机器学习要用到的很多软件；
miniconda只包含了conda、python和一些必备的软件工具，主要负责生信领域。
miniconda和anaconda都包含conda
二、将miniconda下载到服务器上
1.使用wget从网站下载脚本文件
打开清华大学的conda镜像网站找到linux 64-bit（x86_64）最新版本（latest），复制下载链接。
cd ~/biosoft # 进入biosoft目录，学会使用Tab键补全功能
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 开始下载sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果你安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。
2.安装miniconda
如果后面进行过程中失败了，需要从这里重来。
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # 进行安装
按照图片进行操作，注意别按太快
安装成功
source ~/.bashrc # 激活conda，注意空格
conda # 如果出现满屏的信息就说明成功了，如果报错，可能没有进行上一步命令
操作成功了
如果没有成功就将miniconda这个目录删除，然后从“安装miniconda”重来一次。注意不要删除.sh结尾的脚本，不然还得花费时间重新下载。
如果安装有问题，参考演示视频 链接：https://share.weiyun.com/5J82l9g 密码：iwcd4k
# 添加镜像，这里使用北外的镜像。复制粘贴enter
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
3.使用conda
conda list # 查看安装的软件
conda install fastqc -y # -y是yes
conda install fastqc=0.11.7 -y # 指定软件版本号
fastqc --help # 如果出现很多内容，说明软件安装成功4.conda环境
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。 每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也有版本要求，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，就需要根据不同项目的需要，创建不同的conda环境，达到互不干扰。
conda info --envs # 查看当前conda有哪些环境，前面带*的就是当前所激活的环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y # 创建一个名为“ran-seq”的conda环境，指定python版本3，安装软件fastqc和trimmomatic软件
conda info --envs # 创建完成后，再次查看conda环境
conda activate rna-seq # 激活新环境
conda deactivate # 退出当前环境原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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