高精度空间平台
原创高精度空间平台
原创
追风少年i
发布于 2024-04-01 17:47:22
发布于 2024-04-01 17:47:22
作者，Evil Genius
10X Visium HD发布了，那么高精度平台又多了一个巨无霸，面对如此多的平台，我们该如何选择？
我们来汇总一下，这些平台全部都介绍过
平台 | 精度 | 是否单细胞级别 | 图片与数据是否可以结合 | 测序组学 | 可视化软件配套情况 | 注意事项 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Nanostring CosMx Spatial Molecular Imager | 细胞级 | 是 | 是 | 转录、蛋白 | 有CosMx | 贵 |
10X Genomics Xenium | 细胞级 | 是 | 是 | 转录 | loupe | 单细胞级别算法推断而来，检测需要panel，目前检测基因的通量不足，据说要达到5000级别 |
10X Genomics Visium | 55um | 否 | 是 | 转录 | loupe | 精度低 |
Akoya CODEX | 单细胞级 | 是 | 是 | 蛋白 | 有 | 蛋白组，通量低、精度高 |
10X Genomics Visium HD | 亚细胞级 | 亚细胞级 | 是 | 转录 | loupe | 高精度，目前5万/样本 |
BGI STOmics | 亚细胞级 | 亚细胞级 | 否 | 转录 | 无 | 图片和数据不能结合，区域划分和数据分析困难较大 |
百创S1000（听说升级了版本） | 亚细胞级 | 亚细胞级 | 否 | 转录 | 不清楚，大概率无 | 接触很少，具体细节不了解 |
寻因 | 单细胞级别 | 单细胞级别 | 是，但是不是建库测序的图片而是临近的组织图片 | 转录 | 云平台，目前尚未商用 | 采用空间核转录组捕获技术 |
这些技术促进单细胞级空间数据的生成。
至于高精度空间平台的细胞注释，说了很多遍了，大家可以参考
关于空间转录组和SNP的一些答疑
空间转录组学数据分析细胞邻域依赖的基因表达(分子邻域)
空转数据分析之细胞“社区”
而其中最好的空间平台，自然是10X系列，其中10X Genomics Visium HD目前应该没有敌手。
精度高了自然好多了。
国产平台没有好用的配套的可视化软件真的是硬伤啊。
关于邻域分析，分享了很多了，这次再来补充一点，三个软件全部分享过。
对于hoodscanR，使用plotcollocal函数进行邻域识别和共定位分析。相反，Squidpy和Giotto使用gr.spatial_neighbors和createSpatialDelaunayNetwork函数进行网络图构建，然后分别使用gr.nhood_enrichment和cellProximityEnrichment函数进行共定位分析。
其中hoodscanR的分析代码如下：
fnc <- findNearCells(spe, k = 100)
pm <- scanHoods(fnc$distance)
hoods <- mergeByGroup(pm, fnc$cells)
##Neighborhoods analysis
plotHoodMat(hoods, n = 10, hm_height = 5)
plotColocal(spe, pm_cols = colnames(hoods))
代码在hoodscanR
生活很好，有你更好
原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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