生信技能树-R语言-day6

原创

VOHOKO

发布于 2024-04-19 22:13:42

740

发布于 2024-04-19 22:13:42

常用可视化R包和函数

plots.R

> plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) # 横坐标是iris的第一列，纵坐标是第三列，以第五列的颜色分类 > text(6.5,4, labels = 'hello')# 6.5 和4 是文字的坐标

ggplot2

> library(ggplot2) >ggplot(data = iris)+ geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length, color = Species))#背景是默认的风格，ggplote画图的类型和细节比较多

ggpubr

#新手友好型 ggplot2简化和美化褒贬不一 > library(ggpubr) > ggscatter(iris,s, x="Sepal.Length", y="Petal.Length", color="Species")

ggplot2

入门级绘图模版

列名不带引号，行末写加号

属性设置

手动设置

> ggplot(data = iris) +      
    geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,                               
                             y = Petal.Length), #记得这里有个小括号，                      
                             color = "blue")

> ggplot(data = iris) + geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length), size = 5, # 点的大小5mm alpha = 0.5, # 透明度 50% shape = 6, # 点的形状 color = "blue")

映射

按照数据框的某一列来定义图的某个属性

这些要写在 aes小括号里

映射vs手动设置

aes是mapping 的实际参数，mapping是一个形式参数

映射：根据数据的某一列的内容分配颜色，可以指定颜色

如果想调整颜色顺序，直接改单词的顺序

也可以使用palette来配色，也可以使用十六进制颜色代码

手动：把图形设置为一个或者n个颜色，与数据内容无关

区分color和fill

空心和实心都用 color设置
又有边框又有内心的，需要fill和color两个参数

几何对象

> ggplot(iris, aes(Sepal.Width,Species,))+ geom_violin(aes(fill = Species))+ geom_boxplot()+ geom_jitter(aes(shape = Species))

ggpubr.R

ggpubr画的图可以赋值，赋值p之后，运行p可以出图

但是基础包不能赋值的！！！！！

> p = ggboxplot(iris, x = "Species", y = "Sepal.Length", color = "Species", shape = "Species",add = "jitter") > p

组间比较

> my_comparisons <- list( c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica") ) p + stat_compare_means(comparisons = my_comparisons, aes(label = after_stat(p.signif)))

my_comparisons 是内容，数据，不是参数名称

p + 就是在原来图基础上加一个组间比较