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读《网络数据的统计分析:R语言实践》

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生信菜鸟团
发布2024-04-25 18:26:51
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发布2024-04-25 18:26:51
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文章被收录于专栏:生信菜鸟团生信菜鸟团

我与网络(Network)的缘分也就此拉开。在这篇文章中,介绍了网络的基本概念:图、网、边、节点、长度、直径。在今后慢慢的咀嚼中,内化为我最近经常讲的一句话:做数据挖掘,有时候就是在找关系。

有什么工具可以用来刻画元素之间的关系,相关性是一种,当相关性多了,就需要用到我们的网络了。当我们想要刻画的元素数量大于3个时,网络,几乎是必用的工具。

  • 细胞之间的相互作用
  • 微生物之间的互作
  • 基因的调控与表达

如之间我们还写过《Network在单细胞转录组数据分析中的应用》,给出了一个理由:为什么做单细胞数据分析的你,需要学习网络。

真的就像沙漠中远行的骆驼那样,对肚子里的东西不断汲取。在2020年的时候,在另一个不愿再提及的平台上,我又拿出18岁时候的激情,徒手敲下整本书的代码。

后来的故事,我想大家基本上已经熟悉,在描述细胞间通讯的工具CellChat尚未发表时,我们就向大家推广了这个R包。这与之相关的教程中,我们用了在2018年从未想过的网络作图知识。

正所谓太阳底下无新事。任何一种难题,似乎总可以在历史中找到解决方案,任何一种尝试、一次心动、一刻好奇或许会为你未来某个难题提供一种解法。

当我的指尖再次划开这本曾经陪伴,而又久久束之高阁的纸质书。仿佛一把往事的钥匙,打开了那个享受孤独,而又无缘由上进的小伙子。他对一切自己尚未运行的代码好奇,想知道敲完代码按下回车键之后,出现怎样的画面。他想知道细胞之间、微生物之间、基因之间会发生怎样的、可刻画的关系。他觉得自己可以,就算自己不可以,那也可以通过站到前人的肩膀看到那个大于自己的世界。

正所谓:登高而招,臂非加长也,而见者远;顺风而呼,声非加疾也,而闻者彰。假舆马者,非利足也,而致千里;假舟楫者,非能水也,而绝江河。君子生非异也,善假于物也。

而如今,看到新的知识,是否还能激起为数不多的多巴胺,为之享受一个宁静的夏天?

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原始发表:2024-04-20,如有侵权请联系?cloudcommunity@tencent.com 删除

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