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国家基因库生命大数据平台
覆盖BT × IT领域包括时空组学、空间组学等多组学信息及大数据技术在生物医学领域创新应用
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热点综述 | 健康和疾病中的空间转录组学
人工智能
工具
开发
模型
数据
空间转录组技术的快速发展加快了包括肾脏病学在内的多个领域的发现步伐。2024年5月，《Nature Reviews Nephrology》发表综述文章，概述了当前和新兴的空间转录组学方法、其应用以及该领域仍面临的挑战。
尐尐呅
2024-05-20
103
0
生化小课 | 免疫反应包括一系列特殊的细胞和蛋白质
连接
系统
翻译
开发
免疫是由各种白细胞带来的，包括巨噬细胞（macrophages）和淋巴细胞（lymphocytes），所有这些都是由骨髓中未分化的干细胞发育而来的。白细胞可以离开血液并在组织中“巡逻”，每个细胞都会产生一种或多种蛋白质，这些蛋白质能够识别并结合可能发出感染信号的分子。
尐尐呅
2024-05-20
47
0
Nature Plants发表玉米雌穗的空间转录组图谱
数据库
大数据
论文
数据
网络
2024年5月14日，国家基因库生命大数据平台支撑科研成果在Nature Plants在线发表。该研究题为“A spatial transcriptome map of the developing maize ear”，该研究构建了首个玉米雌穗空间转录组图谱，最终共获得了12种细胞类型的转录组及其空间位置信息，鉴定并验证了4种全新的细胞类型。利用空间组学的优势，鉴定到了两个在小花分生组织顶端中特异性表达，并决定其分化确定性的MADS-box基因。通过整合单细胞转录组及空间转录组数据，研究人员探索了一种高通量基因挖掘的新方法，通过构建细胞特异性的基因共表达网络鉴定了一批潜在控制玉米雌穗建成的新基因。
尐尐呅
2024-05-20
84
0
生化小课 | 镰状细胞性贫血是一种血红蛋白分子疾病（含 蛋白质与配体的可逆结合：氧结合蛋白质 小结）
翻译
函数
连接
模型
异常
遗传性人类疾病镰状细胞性贫血惊人地证明了氨基酸序列在决定球状蛋白的二级、三级和四级结构及其生物功能方面的重要性。已知人类中有近500种血红蛋白的遗传变异；除少数外，其余都相当罕见。大多数变异由单个氨基酸残基的差异组成。对血红蛋白结构和功能的影响通常很小，但有时也会非常大。每一种血红蛋白变异都是基因改变的产物。变异基因被称为等位基因。因为人类通常每个基因有两个拷贝，所以一个个体可能有一个等位基因的两个拷贝（因此该基因是纯合的）或两个不同等位基因各有一个拷贝（从而是杂合的）。
尐尐呅
2024-05-11
79
0
Nature Methods | 基因组学数据去卷积分析的挑战与展望
工具
数据
数据类型
性能
methods
去卷积是根据各种组学数据估计细胞类型丰度的有效方法。尽管近年来去卷积分析方法取得了重大进展，但挑战仍然突出。2024年2月，《Nature Methods》发表Perspective，探讨基因组学数据去卷积分析的挑战，同时从计算角度提出解决这些问题的建议。
尐尐呅
2024-05-11
102
0
万种鸟类基因组计划最新成果：提出现生鸟类新分类方案，揭示雀形目鸟类利用古病毒序列调控大脑基因
事件
数据
系统
重构
论文
2024年4月，万种鸟类基因组计划（B10K）在《自然》（Nature）及《自然·通讯》（Nature Communications）发表了两项新成果。
尐尐呅
2024-05-11
115
0
生化小课 | 血红蛋白与氧的结合受 2,3-二磷酸甘油酯的调节
翻译
2,3-二磷酸甘油酸（BPG）与血红蛋白分子的相互作用进一步完善了血红蛋白的功能，并提供了一个异向变构调节的例子。
尐尐呅
2024-04-26
134
0
生化小课 | 两种模型提出了协作绑定机制
翻译
模型
在血红蛋白等多亚单位配体结合蛋白中，T→ R转变发生了吗？配体与具有多个结合位点的蛋白质协同结合的两个模型极大地影响了对这个问题的思考，定义了两种主要的可能性。
尐尐呅
2024-04-19
59
0
时空组工具 | SpatialData：一个开放的、通用的空间组学数据框架
框架
数据
存储
工具
开发
空间分辨组学技术正在改变我们对生物组织的理解。然而，由于数据量大、数据类型异构以及缺乏灵活的空间感知数据结构，单模式和多模式空间组学数据集的处理仍然是一个挑战。2024年3月，《Nature Methods》发表了一个建立统一、可扩展的多平台文件格式的框架——SpatialData，为空间注释和跨模态聚合与分析提供便利。
尐尐呅
2024-04-18
178
0
Database | LettuceDB：栽培生菜的综合多组学数据库
浏览器
数据
数据库
database
表格
作物基因组学在过去十年中发展迅速，从多组学研究中产生了大量的组学数据。如何利用积累的数据成为作物科学的一个关键而迫切的需求。
尐尐呅
2024-04-11
152
0
数据存在CNGBdb，可以发哪些杂志？【J CACHEXIA?SARCOPENI】
生命周期
数据
大数据
表格
基础
Journal of Cachexia Sarcopenia and Muscle
尐尐呅
2024-04-11
105
0
生化小课 | 配体的协同结合可以定量描述
equation
plot
翻译
工作
1910 年，Archibald Hill 首次分析了血红蛋白与氧的协同结合。这项工作得出了研究配体与多亚基蛋白协同结合的一般方法。
尐尐呅
2024-04-11
69
0
Nat. Rev. Genet. | 研究细胞相互作用和通讯的计算及实验工具
工具
数据
算法
网络
nat
近年来，研究细胞与细胞相互作用（CCIs） 的工具经历了显著的多样化。2024年1月，《Nature Reviews Genetics》发表综述，探讨细胞-细胞相互作用研究的最新进展，并重点介绍新一代工具的多样化。
尐尐呅
2024-03-26
178
0
生化小课 | 血红蛋白协同结合氧气
翻译
原理
血红蛋白必须在肺中有效地结合氧气，其中pO2约为13.3kPa，并且它必须在组织中释放氧气，其中pO2约为4kPa。肌红蛋白，或任何以双曲线结合氧的蛋白质，都不适合这种功能，原因如图5-12所示。以高亲和力结合O2的蛋白质将在肺部有效地结合O2，但不会在组织中释放太多。如果蛋白质以足够低的亲和力结合氧气，将其释放到组织中，它将不会在肺部吸收太多氧气。
尐尐呅
2024-03-25
92
0
生化小课 | 血红蛋白在与氧气结合时发生结构变化
翻译
max
X射线分析揭示了血红蛋白的两种主要构象：R态和T态。尽管氧在任何一种状态下都能与血红蛋白结合，但它对R状态下的血红蛋白具有明显更高的亲和力。氧结合稳定R态。当实验中没有氧气时，T态更稳定，因此是脱氧血红蛋白的主要构象。T和R最初分别表示“紧张”和“松弛”，因为T态被更多的离子对稳定，其中许多离子对位于α1β2(和α2β1)界面(图5-9)。当氧与处于T状态的血红蛋白亚基结合时，会触发构象转变为R状态。当整个蛋白质经历这种转变时，单个亚基的结构变化不大，但αβ亚基对彼此滑动并旋转，缩小了β亚基之间的口袋(图5-10)。在这个过程中，一些稳定T态的离子对被破坏，一些新的离子对形成。
尐尐呅
2024-03-25
207
0
热点综述 | 人工智能和机器学习在预测医学中的进展
机器学习
人工智能
表格
模型
数据
传统的机器学习 (ML) 技术在生成用于组学分析的预测模型方面取得了部分成功，但在处理数据内的潜在关系以实现更准确的预测方面存在局限性。2024年2月，《Journal of Human Genetics》发表综述文章，探讨了通过应用深度学习 (DL)，特别是卷积神经网络 (CNN)，预测建模发生的革命性转变。
尐尐呅
2024-03-13
208
0
生化小课 | 血红蛋白亚基在结构上与肌红蛋白相似
翻译
血红蛋白(Mr 64,500;缩写Hb)大致为球形，直径约5.5 nm。它是一种四聚体蛋白，含有四个血红素辅基，每个多肽链一个辅基。成人血红蛋白含有两种珠蛋白：两条α链(每条141个残基)和两条β链(每条146个残基)。这两种亚基的三维结构彼此之间以及与肌红蛋白非常相似(图5-6)，反映了它们在更大的珠蛋白超家族中的进化。然而，在α和β亚基的多肽序列中，只有不到一半的氨基酸残基是相同的，三个多肽中只有27个是相同的(图5-7)。肌红蛋白的螺旋命名惯例也适用于血红蛋白多肽，只是α亚基缺少短D螺旋。血红蛋白结合袋主要由每个亚基中的E和F螺旋组成。
尐尐呅
2024-03-13
121
0
数据存在CNGBdb，可以发哪些杂志？【EMM】| CNGBdb-Question Time
大数据
time
论文
数据
系统
嗯嗯，是的，只需要在CNGBdb首页快速搜索框输入CNP*******编号就可以找到相关数据，如果遇到数据受控的情况需要到国家基因库数据受控中心申请受控数据的使用权限。
尐尐呅
2024-03-13
86
0
单细胞工具 | scGPT：利用生成式AI构建单细胞多组学基础模型
基础
开发
模型
数据
工具
生成式预训练模型在多个领域都取得了显著的成功。2024年2月，《Nature Methods》发表单细胞生物学的基础模型 scGPT，该模型是基于跨越3300多万个细胞库的生成式预训练转换器。
尐尐呅
2024-03-05
329
0
生化小课 | 血红蛋白运输血液中的氧气
翻译
动物全血中几乎所有的氧气都是由红细胞中的血红蛋白结合和运输的。正常人的红细胞很小（直径 6 到 9 μm），呈双凹盘状。它们由称为造血干细胞的前体干细胞形成。在成熟过程中，干细胞产生的子细胞会形成大量血红蛋白，然后失去细胞器--细胞核、线粒体和内质网。因此，红细胞是不完整的残余细胞，无法繁殖，在人体中只能存活约120天。它们的主要功能是携带血红蛋白，血红蛋白以非常高的浓度（约34%重量）溶解在细胞质中。
尐尐呅
2024-03-05
83
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