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软件管理 - 弹性高性能计算E-HPC

发布时间：2021-09-18 00:00| 有 位朋友查看

简介：若您尚未拥有E-HPC集群，请先 创建E-HPC集群 弹性高性能计算E-HPC的管理控制台提供了整个集群生命周期的软件管理功能，支持多款主流HPC软件、通信库的一键查询、安装与卸载。 软件管理界面 进入 E-HPC管理控制台 ，点击左侧栏的“集群”标签，进入 集群管控……

若您尚未拥有E-HPC集群，请先创建E-HPC集群

弹性高性能计算E-HPC的管理控制台提供了整个集群生命周期的软件管理功能，支持多款主流HPC软件、通信库的一键查询、安装与卸载。

软件管理界面

进入E-HPC管理控制台，点击左侧栏的“集群”标签，进入集群管控界面。

进入软件管理

在集群的“应用信息”概要栏中，点击“软件管理”右侧的“查看”按钮，弹出软件管理的配置框，主要包括两部分：可安装软件列表和已安装软件列表。

可安装软件

可安装软件界面展示了当前E-HPC已经集成的软件列表，包括主流科学计算应用、编译器运行时库、MPI通信库等等。用户只需要勾选想要安装的软件，然后点击“安装”按钮，就可以实现多款软件的一键安装部署。搜索框支持软件的查询功能。

此外，软件包的安装部署还可以在集群创建过程中的“软件配置”阶段进行选择，或者在“高级部署”下的软件版本中，单独勾选需要的软件。

已安装软件

已安装软件界面展示了该集群目前已经安装的软件列表。用户只需要勾选想要卸载的软件，然后点击卸载按钮，就可以实现多款软件的一键卸载。搜索框支持软件的查询功能。

E-HPC软件栈

说明：本节所描述的软件栈，只列出了支持自动部署的软件，如果用户有其他软件需要安装的软件，可自行部署，通过自定义镜像的方式组建集群。

HPC BenchMark

名称 版本 简介 需要勾选的依赖包
LINPACK 2018 浮点性能评测工具 Intel-MPI 2018
STREAM 2018 访存带宽评测工具 N/A
Intel-MPI-Benchmarks 2019 MPI通信效率评测工具 Intel-MPI 2018
OSU-Micro-Benchmarks 5.4.4 MPI通信效率评测工具 Intel-MPI 2018
Iperf 2.0.12 网络带宽评测工具 N/A
FIO 3.1 磁盘读写效率评测工具 N/A

运行时库

MPI通信库 GPU加速库 Intel高性能库
Intel-MPI
OpenMPI
MPICH
MVAPICH		 CUDA-Toolkit
cuDNN		 Intel-ICC-RUNTIME
Intel-IFORT-RUNTIME
Intel-MKL
Intel-DAAL
Intel-IPP
Intel-TBB

软件列表

名称 版本 简介 需要勾选的依赖包
ABySS 2.1.5 基于短序列的基因组双端组装工具，支持多节点并行 Intel-MPI 2018
Anaconda 2018.12-py27
2018.12-py37		 Python环境管理工具，E-HPC同时支持Python2.7和Python3.7版本 N/A
BLAST 2.8.1 在生物信息数据库中进行相似性比较的分析工具 N/A
DeepChem 2.0.0 面向药物设计的深度学习Python库 N/A
GAMESS-GPU 2018.2 从头计算量子化学软件，GPU加速版本 CUDA-Toolkit 9.0
GROMACS 5.0.7 分子动力学模拟软件，单机版 N/A
GROMACS-OpenMPI 5.0.7 分子动力学模拟软件，多节点并行版 OpenMPI 1.10.7
GROMACS-CPU-AVX512 2018.3 分子动力学模拟软件，多节点并行版，支持AVX512指令集 Intel-MPI 2018
Intel-MKL 2018
Intel-ICC-RUNTIME 2018
GROMACS-GPU 2018.1 分子动力学模拟软件，多节点GPU加速版本 OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
HELYX-OS 2.4.0 流体力学前处理软件，支持可视化 N/A
HMMER 3.2.1 基于隐马尔可夫模型，用于生物序列比对分析的软件 N/A
LAMMPS-CPU-INTELMPI 12Dec18 分子动力学模拟软件，多节点并行版本 Intel-MPI 2018
LAMMPS-GPU-OpenMPI 12Dec18 分子动力学模拟软件，多节点GPU加速版本 OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
Miniconda py27
py37		 精简版conda环境，E-HPC同时支持Python2.7和Python3.7版本 N/A
MOMAP 1.0.1 理论研究、预测分子材料性质的软件包，支持多节点并行 MPICH2
NAMD-OpenMPI 2.12 分子动力学模拟软件，多节点并行版本 OpenMPI 1.10.7
NAMD-GPU-MULTICORE 2.12 分子动力学模拟软件，单节点GPU加速版本 CUDA-Toolkit 9.0
NAMD-GPU 2.12 分子动力学模拟软件，多节点GPU加速版本 OpenMPI 3.0.0
CUDA-Toolkit 9.0
OpenFOAM-OpenMPI 5.0 流体力学模拟软件，多节点并行版本 OpenMPI 1.10.7
OVITO 2.9.0 用于原子和粒子模拟数据的科学可视化和分析软件 N/A
ParaView 4.3.1 二维、三维数据分析和可视化软件 N/A
Relion-OpenMPI 2.0.3 单颗粒冷冻电镜软件，多节点并行版本 OpenMPI 1.10.7
Relion-GPU 2.0.3 单颗粒冷冻电镜软件，多节点GPU加速版本 OpenMPI 3.0.0
Semtex 8.2 流体力学求解器，支持多节点并行 OpenMPI 1.10.7
TensorFlow 1.7.0-cp27-pypi 基于数据流的开源深度学习框架 N/A
TensorFlow-GPU 1.7.0-cp27-pypi 基于数据流的开源深度学习框架，GPU加速版本 N/A
VMD 1.9.3 分子动力学模拟可视化软件 N/A
WRF-MPICH 3.8.1 用于气象研究和天气预测的大气模型系统，多节点并行版本 MPICH 3.2
WRF-OpenMPI 3.8.1 用于气象研究和天气预测的大气模型系统，多节点并行版本 OpenMPI 1.10.7

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