本文通过创建CCI环境并执行gcs-grammar流程,向您展示GCS的使用流程。
在所有操作前,请先完成环境准备,请单击“环境管理 > 创建环境”,根据界面提示填写参数。
在“填写环境信息”界面,参数按如下填写,填写完成后,单击“下一步”,在“详情”页确认后,单击“提交”,完成CCI环境的创建。
OBS存储用于存储分析前后产生的数据,包括原始基因数据、流程执行中间数据及执行结果数据。
选择OBS存储,如果没有OBS桶请单击“创建OBS存储”创建,然后单击刷新,再选择OBS存储。
命名空间是对于同一用户下的云容器实例的逻辑划分,适用于用户中存在多个团队或项目的场景。
可以选择“已有命名空间”或“新建命名空间”。建议为此环境选择独立命名空间,保证资源的隔离独立,本示例使用新建命名空间。
选择企业项目,该参数针对企业用户使用。如需使用该功能,请联系客服申请开通。企业项目是一种云资源管理方式,企业项目管理服务提供统一的云资源按项目管理,以及项目内的资源管理、成员管理,默认项目为default。请从下拉列表中选择所在的企业项目。更多关于企业项目的信息,请参见《企业管理用户指南》。
选择命名空间所在的虚拟私有云。虚拟私有云用于构建隔离的、私密的虚拟网络环境,这样在命名空间中容器能够运行于一个隔离的网络环境。如果没有创建虚拟机私有云,请单击“创建虚拟私有云”,完成创建后单击刷新按钮再选择。
上传访问密钥,用于访问OBS存储桶时鉴权。若您在本地没有访问密钥,请前往管理访问秘钥新增并下载访问密钥。
待环境创建完成,可以单击环境名称查看环境信息。
基因容器提供了gcs-grammar示例流程,通过该流程您可以了解到GCS的编排语法及能力。
该流程的执行顺序以及包含工具,可以通过单击”基因测序 > 示例流程 > gcs-grammar”查看流程详细信息。
执行测序流程请按如下步骤操作。
测序流程执行时间需要数小时,具体时长与环境资源类型、环境资源大小、处理数据大小等相关。使用测试数据,预计要20分钟。
执行过程可以通过“执行结果”页面查看,可查看内容包括“任务进度图”、“流程事件”、“任务事件”、“日志”、“输入”、“输出”和“监控”等。
gcs-grammar流程在exec-script-flie步骤会执行echo hello world命令,可以在日志中看到该步骤输出的日志。选中“日志”标签,找到exec-script-flie的输出日志文件。
单击“查看”,跳转到应用运维服务中,可以查看到stdout.log输出了hello world。
流程执行完毕后,测序所使用的CCI计算资源会自动释放,无需担心产生多余的费用。
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