使用命令行工具执行测序_基因容器 GCS_最佳实践

本示例通过指导您创建CCI命名空间、绑定文件存储卷，使用命令行工具查询和设置环境、查询和设置SFS存储卷、创建execution执行测序及查看计算结果，帮助您学习如何使用命令行工具在云容器实例环境中执行测序。

1. 创建CCI命名空间。

   登录云容器实例控制台，左侧导航栏中选择“命名空间”，单击“一键创建”创建命名空间。创建成功的CCI环境命名空间如图1，本步骤创建的命名空间将为后续测序提供计算资源。

   图1 创建命名空间
   

2. 创建文件存储卷，并绑定到CCI命名空间下。
   1. 登录弹性文件服务控制台，在页面右上角单击“创建文件系统”。进入文件存储卷创建界面，根据界面提示配置参数，如图2。配置完成后，单击“立即创建”。
      

      文件存储卷的区域应与CCI命名空间的区域一致，文件存储卷的虚拟私有云应与创建CCI命名空间时使用的VPC一致。

      图2 创建文件存储卷
      

      创建成功的SFS存储如图3，本步骤创建的文件存储将作为后续测序原始数据存放地址以及中间数据和结果数据的存放地址。

      图3 SFS存储创建成功
      
   2. 登录云容器实例控制台，选择左侧导航栏的“存储管理>文件存储卷”，在右侧页面单击选择步骤一创建的命名空间，单击“新建卷”。
      图4 新建卷
      
   3. 选择刚创建的SFS存储卷，并单击“导入”，完成SFS存储卷和命名空间的绑定。
      图5 导入SFS存储卷
      

3. 创建云容器实例环境。
   1. 登录基因容器控制台，选择左侧导航栏的“环境管理”，在右侧页面单击“创建环境”。
   2. 选择“云容器实例 CCI”类型，并选定步骤1创建的命名空间。
      图6 创建CCI环境
      
   3. 单击“下一步”，确认环境信息配置后单击“提交”，完成云容器实例环境的创建。本步骤创建的环境封装了CCI命名空间，将为后续测序提供计算资源。

4. 制作镜像，并上传镜像至华为云私有镜像仓库，添加GCS私有工具。

   本示例使用nginx镜像，对应工具为nginx:latest。

5. 编写流程文件Workflow，具体方法请参见流程语法参考。

   本示例将使用gcs-demo.yaml文件，内容如下：

   version: genecontainer_0_1
   workflow:  
     gcs-demo:    
       tool: 'nginx:latest'    
       type: GCS.Job    
       resources:      
         memory: 2G
         cpu: 1C
       commands:
         - echo "gcs-demo" > /sfs/pkg/gcs-demo.yaml
   volumes:
     gensfs:
       mount_path: '/sfs'
       mount_from:
         pvc: '${GCS_SFS_PVC}'

   测序完成后“gcs-demo”将写入存储目录/pkg下的gcs-demo.yaml文件中。

6. 将步骤2创建的SFS存储卷挂载到本地，方便上传和查看数据。

   挂载方法请参见挂载NFS文件系统到云服务器（Linux）。本示例将创建的文件存储卷挂载至/root/gcs目录下。

7. 创建目录，将数据放置到SFS存储中。

   根据步骤5编写的workflow，在SFS存储下创建pkg目录：

   

8. 下载并配置GCS命令行工具，方法请参见安装命令行工具。
9. 使用命令行工具查询环境。

   执行./gcs get environment 查看当前账号下可用的环境列表：

   

10. 设置环境。

    执行./gcs set env设置后续测序使用的环境：

    ./gcs set env gcs-env-cci-auto-1547117715583

    

11. 查询当前环境下的文件存储卷。

    执行./gcs get sfs查询当前环境填的SFS存储卷列表：

    ./gcs get sfs

    

12. 设置SFS。

    执行./gcs set sfs设置后续使用的SFS：

    ./gcs set sfs pvc-sfs-jswuo09d-j6cf

    

13. 创建Workflow。

    执行./gcs create workflow 创建workflow：

    ./gcs create workflow gcs-demo.yaml --name pvc-demo-workflow

    

14. 创建execution，执行测序。

    执行./gcs create execution WORKFLOWID使用步骤13创建的workflow返回的workflowID：

    ./gcs create execution 48b51171-d836-fd8e-a23e-7b985576861d --name gcs-demo-execution

    

15. 查看创建的execution。

    执行./gcs get execution executionID 使用步骤14创建execution返回的ID：

    ./gcs get execution f1fd6525-3fe6-11e9-a947-0255ac109f1a

    

16. 查看存储目录下是否有计算结果。

    进入/root/gcs/pkg目录下，发现“gcs-demo”文字已经写入对应区域：