? scMetabolism | 哎哟！单细胞代谢怎么评估嘞！？

生信漫卷

发布于 2024-02-01 15:33:28

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发布于 2024-02-01 15:33:28

文章被收录于专栏：R语言及实用科研软件R语言及实用科研软件

1写在前面

周末又要值班了，今天把要更的东西写一写（其实是水一水）。?

最近大家在经常问的就是标书写了没有。?

哎，一言难尽啊，只能说几个月前写的那点就还是那点，完全没有变化。?

可能deadline才是第一生产力吧，要等临近了才有动力写。

再说吧，活过一天是一天。?

丧丧的叨叨了几句，今天是scMetabolism。?

你可以简单的理解为，单细胞水平的代谢signature，哈哈哈哈哈哈哈。?

2用到的包

这里说一下，这个包的依赖包还是很多的，装起来有些麻烦，还是希望作者可以抽时间完善一下。?

说一下我遇到的几个要装的包：?

pytools；
wordspace；
plumber；
logging；

rm(list = ls())
# yulab.utils::install_zip_gh("YosefLab/VISION")
# devtools::install_github("wu-yc/scMetabolism")
library(tidyverse)
library(scMetabolism)

3示例数据

经典的单细胞pbmc数据，大家加载起来用一下。?

这里输入数据时Seurat格式就行了，不过也可以输入非Seurat格式的data，但是作者并不推荐大家这样做。?

load("pbmc_demo.rda")

countexp.Seurat

4定量代谢

可以采用不同的方法来计算代谢的signature。?

每种方法各有特点吧，仁者见仁，智者见智了，默认是VISION。?

主要包括：?

VISION；
AUCell；
ssgsea；
gsva；

countexp.Seurat<-sc.metabolism.Seurat(obj = countexp.Seurat, method = "VISION", imputation = F, ncores = 2, metabolism.type = "KEGG")

NOTE! 这个VISION包，大家有时间去学一下，还是挺值得医学的哦！~?

5可视化-Dimplot

Dimplot展示下结果，比较经典的可视化咯!~?

DimPlot.metabolism(obj = countexp.Seurat, 
                   pathway = "Glycolysis / Gluconeogenesis", 
                   dimention.reduction.type = "umap", 
                   dimention.reduction.run = F, 
                   size = 1)

6可视化-Dot plot

Dotplot展示下结果!~?

你可以选一些你需要的pathway来指定可视化变量。?

input.pathway<-c("Glycolysis / Gluconeogenesis", "Oxidative phosphorylation", "Citrate cycle (TCA cycle)")

DotPlot.metabolism(obj = countexp.Seurat, pathway = input.pathway, phenotype = "ident", norm = "y")

7可视化-Box plot

Boxplot展示下结果!~?

这种也不错，还可以分面，看起来更直观！~?

BoxPlot.metabolism(obj = countexp.Seurat, pathway = input.pathway, phenotype = "ident", ncol = 1)

8查看计算结果

head(countexp.Seurat@assays$METABOLISM)

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原始发表：2024-01-27，如有侵权请联系?cloudcommunity@tencent.com 删除

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