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? hdWGCNA | 单细胞数据怎么做WGCNA呢！？（三）（pseudobulk data）
data
meta
可视化
数据
网络
今天没什么废话，主要讲讲如何用pseudobulk data做hdWGCNA。?
生信漫卷
2024-05-27
76
1
? hdWGCNA | 单细胞数据怎么做WGCNA呢！？（二）（基础可视化）
函数
基础
可视化
数据
工作
明明是认真的完成了自己的工作，不过总有人觉得你过的太舒服，非要让你过上牛马一样的生活，他才觉得是正常的，真是不能理解。?
生信漫卷
2024-05-27
101
0
? hdWGCNA | 单细胞数据怎么做WGCNA呢！？（一）（小试牛刀）
可视化
数据
存储
对象
函数
好久没更了，今天写一下hdWGCNA吧，单细胞和空间转录组都能用到的高级分析。?
生信漫卷
2024-05-27
37
0
? CellMarker | 人骨骼肌组织细胞Marker大全！~（强烈建议火速收藏！）
min
raster
marker
分享一下最近看到的2篇paper关于骨骼肌组织的细胞Marker，绝对的Atlas级好东西。?
生信漫卷
2024-05-08
154
0
? GeneSelectR | 用多种机器学习方法筛选重要基因！~
机器学习
selection
工作
基础
可视化
GeneSelect是基于使用Python进行特征选择的。所以第一次用的时候需要安装相应的Python模块，需要为包创建工作环境。
生信漫卷
2024-04-23
150
0
? catboost | 分量变量的梯度提升机器学习算法怎么用！?~（附shap解析！~）
变量
可视化
模型
算法
机器学习算法
CatBoost和XGBoost、LightGBM并称为GBDT的三大主流神器，都是在GBDT算法框架下的一种改进实现。
生信漫卷
2024-04-10
93
0
? shapviz | 如何利用SHAP解释Xgboost模型！?~
xgboost
可视化
模型
机器学习
游戏
今天讲一下机器学习的经典方法，SHAP（Shapley Additive exPlanations）。?
生信漫卷
2024-02-01
588
0
? scMetabolism | 哎哟！单细胞代谢怎么评估嘞！？
数据
input
signature
变量
可视化
这里说一下，这个包的依赖包还是很多的，装起来有些麻烦，还是希望作者可以抽时间完善一下。?
生信漫卷
2024-02-01
257
0
? xgboost | 经典机器学习大杀器之XGBoost！~
机器学习
xgboost
变量
模型
数据
XGBoost是一种提升树模型，所以是将许多树模型集成在一起，形成一个很强的分类器，叫CART回归树模型。?
生信漫卷
2024-01-22
188
0
? MendelianRandomization | 孟德尔随机化神包更新啦！~（二）（一行代码拿捏所有方法）
变量
服务器
工作
函数
网络
今天继续接上次的MendelianRandomization包吧，示例数据就不再重复了。?
生信漫卷
2024-01-15
859
0
? MendelianRandomization | 孟德尔随机化神包更新啦！~（一）（小试牛刀）
alpha
input
函数
可视化
数据
betaX是来自每个SNP的暴露因素的回归分析的β系数，betaXse是标准误。?
生信漫卷
2024-01-02
435
0
? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（八）（数据映射比较）
cell
models
ref
可视化
数据
共嵌入（Co-embedding）用于比较相似的数据集，以识别相似性和差异性，并在细胞间传输注释。?
生信漫卷
2023-12-26
175
1
? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（七）（分析单细胞轨迹中的分支）
graph
loading
module
subset
数据
然后调用graph_test()子集，识别出具有制定表达模式的基因，这些基因只落在你选择的轨迹区域内哦。?
生信漫卷
2023-12-19
491
0
? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（六）（寻找随伪时变化的基因）
cell
graph
函数
可视化
数据
这次，我们用一下啊graph_test()函数，设置neighbor_graph="principal_graph"测试轨迹上相似位置的细胞是否具有相关的表达。?
生信漫卷
2023-12-19
492
0
? Mfuzz | 新瓶装旧酒，也是不一样的味道！~（经典的时间趋势分析包！~）
线性回归
教程
解决方案
可视化
数据
前面写了个TCseq，还有小伙伴想问经典的Mfuzz，其实这个包一开始是为microarray开发 。?
生信漫卷
2023-12-13
250
0
? TCseq | 它可以做的不仅仅是RNA-seq的时间趋势分析！~（一文拿捏！~）
安全
filter
可视化
设计
数据
最近也是真的很忙，根本没有时间好好地整理一下这些东西，翻一下以前写的东西分享给大家吧。?
生信漫卷
2023-12-13
294
0
? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（五）（差异分析之聚类比较与模块鉴定）
cell
工具
教程
可视化
数据
当然在这里，Monocle提供了另一种方法来寻找UMAP中不同细胞群之间的差异基因。?
生信漫卷
2023-12-04
278
0
? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（四）（差异分析之建模与评估）
models
time
可视化
模型
数据
比如，在示例数据中，细胞是在不同的时间点收集的，我们可以通过首先对每个基因拟合一个广义的线性模型来检验上述任何一个基因的表达是否随时间变化。?
生信漫卷
2023-11-16
594
1
? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（三）（建立单细胞轨迹）
cell
graph
label
排序
数据
单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。?
生信漫卷
2023-11-06
593
0
? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（二）（寻找marker及注释细胞）
cell
marker
subset
可视化
数据
昨天又是不睡觉的一天，晚上还被家属讲了一通，理由是我去急诊了，没有在办公室待着，他老公疼没人去看。?
生信漫卷
2023-11-01
507
0
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