GAPIT3的farmcpu模型做GWAS，报错
GAPIT3的farmcpu模型做GWAS，报错
大家好，我是邓飞。
一个好的问题，可以引起思考，通过查资料回答问题的过程，是加深理解的过程，然后通过输出，就是掌握深化。
星球里面老师提问了一个问题：
集群一般不会是内存的问题，但是报错显示“memory not mapped”，显然是内存的问题。其实是不是内存的问题不是最重要的，最重要的是怎么做？
要想解决这个问题，需要调用之前的经验，这个报错我也遇到过，大样本或者千万级别的位点，用gapit跑时就会报错，即使服务器配置很好满足条件，也是报错。那么怎么解决呢？
1，换软件，gapit由于R语言包的缘故，而R语言本身对大数据支持有限很容易崩，换软件，比如gcta、gemma就挺好，几千的样本几千万的snp，跑起来很快的，“嗖”的一下……，缺点就是模型单一，不能用farmcpu、blink、cmlm等高级模型了。不过换一种思路，数据量大的时候，高级模型影响很小，跑一下看看结果未尝不可。数据分析不是一锤子买卖，而是互动性极强探戈，有来有回反馈跟进，根据结果调模型是基本操作，分析数据的经验越多，越能明白一个道理：对数据严刑拷打，总能得到理想的结论（狗头）。
2，分解步骤，gapit跑gwas模型，会用到kinship亲缘关系矩阵，使用过R语言计算G矩阵的小伙伴都知道，内存是嗷嗷叫的往上增加，没办法，算法不行硬件来凑。但是，10万的矩阵求逆基本就是不可能，数据是成倍的增加，而内存是指数的增加，所以，R语言计算kinship不行，用别的软件计算好再用就行了。C++、C语言不香吗，像gemma和gcta都可以构建kinship矩阵，速度很快。然后用gapit从外部导入kinship就可以解决了。
一个好的问题，可以引起很多思考，之前遇到这个问题，我都是知难而退，毕竟模型这么多，这个跑不动用其他模型，通过这个问题的思考，发现还是有解决方案的。
古人云：教学相长。诚不欺我也。