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asreml软件功能非常强大,使用简单,遗传评估和基因组选择的利器,5月份有个遗传评估和基因组选择的培训班(见文末),
测序公司经过测序给我们的数据,通常为vcf或者plink格式的数据,由于样本降解、样本与参考基因组差异大(可能片段增加或者缺失)导致snp位点缺失。
通俗来讲,就是可遗传的百分比,如果遗传力很高,那么子代的表现和亲本的表现高度相关,如果遗传力很低,那么子代的表现和亲本的表现相关性很低,之前写过一篇博客,介绍遗...
有个小伙伴说,Haploview软件在windows系统中安装报错,说是配置了java和javac环境,还是不错,我是不信的。
一个好的问题,可以引起思考,通过查资料回答问题的过程,是加深理解的过程,然后通过输出,就是掌握深化。
大家好,我是邓飞,数据分析离不开Linux系统,所以,如何在Linux系统中安装R语言,可以有效的避免入门数据分析,劝退力量很大。如果还有没有劝退,那就在Lin...
大家好,gwas分析目前已经很普及,很多育种群体非常适合gwas的数据挖掘,很多人类群体也非常适合gwas的位点挖掘。
根据 LD≥0.25 的 r2,将 5Mb 区域 内数值高于阈值的多个 SNPs 进行聚类。一个聚类中 P 值最低的 SNPs 被确定为 lead SNPs。"...
GWAS分析时,3~5个性状是正常操作,要分析100个性状呢,手动修改参数,工作量是够了,但是程序员的修养体现在哪里了???
大家好,我是邓飞,作为育种数据分析的段子手,数据分析水平不敢保证,但是段子确实香。经常有小伙伴抛出各种育种数据分析相关的问题,当问题比较多了,我觉得应该写一篇博...
GWAS分析结果中,有每个SNP的beta值、se值、P值,因为GWAS分析中将SNP变为0-1-2编码,所以这些显著的SNP的beta值,就可以用于预测。
现在GWAS更多使用LMM模型,这个模型plink没法做,下面介绍GEMMA软件。学习plink软件做GWAS,更多的是学习数据质控和GWAS原理,真正应用广泛...
对于不经常编程的小伙伴,Genstat窗口的选择模型,方差分析、混合线性模型、配合力分析、基因与环境互作等功能,特别适合农业方向的数据分析。这个软件功能很强大,...
大家好,我是邓飞,今天看了一篇非常好的文章,介绍了遗传力相关概念和计算方法,里面提到了常见的误解,这里汇总一下。
最近有老师问GWAS可视化的内容,GWAS分析结果没有曼哈顿图和QQ图是没有灵魂的,这两个图究竟怎么看呢,下面介绍一下:
大家好,我是邓飞。前几天推荐了一个快速学习GWAS的方法,还没看过的点击查看:所以GWAS学习看视频还是看代码?
这里面,比如ID是两个地点,Cul是5个品种,产量数据,比较两个品种在5个地点的表现,把数字加上去,就形成了上面的图。
大家好,我是邓飞,之前写了Haploview进行单倍型分析的教程(Haploview做单倍型教程一文打尽),有示例数据和操作流程,但是有些朋友用自己的数据分析时...
各位小伙伴,大家好,我是邓飞,今天介绍一下,如何使用R语言进行logistic分析,并且计算OR值和置信区间。