R语言社区检测算法可视化网络图：ggplot2绘制igraph对象分析物种相对丰度
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所以本文探索了一种在ggplot中创建igraph绘图的方法。
igraph图
首先，我带入数据，这是一个物种相对丰度的矩阵。列是物种，每行是一个观测值。下面是数据的浏览
head(data.wide)
加载igraph库并运行生成网络的前几个步骤
library(igraph)
all?<-?bipartite.projection(inc)
绘制这两幅图产生的图形还可以，但并不美观。
在ggplot中创建图形
首先让我们提取数据，产生左边的网络基本图。GGPLOT需要数据为数据框，所以提取数据并将其转换为数据框
左右滑动查看更多
01
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03
04
species?<-?colnames(wide2)??##?添加物种代码
df ?##?显示每个节点的x（V1）和y（V2）坐标。
现在我们有了图中所有节点的坐标，我们可以在ggplot中绘制了
library(ggplot2)
ggplot()?+
geom_point(?color="black")?+?#?在节点周围添加一个黑色的边框
geom_text(?label=species?)?+?#?添加节点的标签
现在我们有了正确的节点，画出节点之间的连接。
get(obs)??#?使用函数获得边信息
df\[match(from,?species)\]?#?匹配之前连接的节点数据框架中的 from 位置。
gto?<-?all\[match(to,?specie)\]?#?匹配之前连接的节点数据框中的to位置
然后绘制
ggplot()?+
geom_point(color="black")?+?#?在节点周围添加一个黑色的边
geom_text(label=species))?+?#?添加节点的标签
让我们弄乱主题，删除网格线和轴标签等。
ggplot()?+
geom_point(color="black")?+?#?在节点周围添加一个黑色的边
geom_text(label=species))?+?#?添加节点的标签
axis.text.x?=?element_blank(),?#?移除x轴文字
axis.text.y?=?element_blank(),?#删除y轴文字
axis.ticks?=?element_blank(),?#?删除轴的刻度线
axis.title.x?=?element_blank(),?#?删除X轴标签
axis.title.y?=?element_blank(),?#?删除y轴标签
panel.grid.major?=?element_blank(),?#移除主要网格的标签
panel.grid.minor?=?element_blank(),?#删除minor-grid标签
如果我们想把社区检测算法中的一些元素纳入右边的图中。我们可以把一个组中的元素变成红色，另一个组中的元素变成蓝色。组内的连接是一条实线，组间的连接是一条虚线。
data.frame(sp?=?names,?g=membership)?#创建一个物种和组成员的数据框架
g\[match(?from,?sp?)\]?#?在g数据框中为from和to节点匹配组成员资格
grp?<-??group\[match(?species,?species)\]?#?将组类型添加到节点数据框中。
ggplot()?+
geom_segment(type=as.factor(type)),color="black")?+?#?添加线
geom_point(color="black")?+?#?在节点周围添加一个黑色的边界。
geom_text(label=species))?+?#?添加节点的标签
theme_bw()+?#?使用ggplot的黑白主题
theme(
axis.text.x?=?element_blank(),?#?移除x轴文字
axis.text.y?=?element_blank(),?#删除y轴文字
axis.ticks?=?element_blank(),?#?删除轴的刻度线
axis.title.x?=?element_blank(),?#?删除X轴标签
axis.title.y?=?element_blank(),?#?删除y轴标签
panel.grid.major?=?element_blank(),?#移除主要网格的标签
panel.grid.minor?=?element_blank(),?#删除minor-grid标签
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