浆细胞在膀胱癌中的预后分析

生信技能树jimmy

发布于 2023-09-26 20:37:26

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发布于 2023-09-26 20:37:26

文章信息

题目：The potential crosstalk between tumor and plasma cells and its association with clinical outcome and immunotherapy response in bladder cancer 期刊：Journal of Translational Medicine 日期：03 May 2023 DOI：https://doi.org/10.1186/s12967-023-04151-1

这篇文章讨论了浆细胞在膀胱癌免疫微环境的所扮演的作用。相比于传统肿瘤预后类文章，觉得有如下几方面新意：

（1）除了TCGA数据，引入了独立的免疫治疗相关数据集；在整个分析流程中起到验证作用；
（2）在单细胞数据的细胞异质性分析中，提供了多角度的衍生分析，充实了数据完整性；
（3）使用配受体对相关基因作为建模候选基因，理论上可以反应建立在互作水平上的预后意义；
（4）文章构图很美观，丰富。除了正文部分展示了最重要的7张图，附件中还有10余张附图。

总体来说是值得借鉴的一篇生信文章，下面简单总结了文章的分析思路。

1、PCs水平对BC生存分析

对两个BC数据集(TCGA, IMvigor210)使用Xcell算法进行免疫浸润分析；
在TCGA中，class-switched memory B cells/PCs与较好预后相关；
在IMvigor210中， PCs与较好预后相关；且Response组的PCs水平较高。

2、BC单细胞数据分析

根据PRJNA662018单细胞数据集，首先分析PCs与Tumor cell的异质性；然后进行cellchat细胞通讯分析。

2.1 两个PCs亚群

首先根据CD79A, MZB1表达将cluster11注释为PCs，并进一步鉴定7个亚群；
然后根据抗体相关基因表达，又可将PCs主要分为两个亚群：IGHG1-, IGHA1-；
对这两个亚群进行特征基因(COSG tool)通路分析分析以及拟时序分析阐释二者生物意义。

2.2 六种肿瘤细胞状态

根据CNV水平，从上皮细胞中鉴定肿瘤细胞；并使用NMF算法进行降维分析；
基于肿瘤状态基因集(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9886402/#SD1)打分，定义出处于6种状态下的肿瘤细胞；
对每种状态肿瘤细胞的特征基因(COSG tool)进行通路分析，生存分析。

2.3 PCs与Tumor通讯分析

在总体细胞通讯水平中，PCs主要是基质细胞的receiver；是T细胞与MDCs的sender；
在PCs与肿瘤细胞的通讯分析中，对一些特征通路，配受体对展开深入的分析，例如MIF通路，APP/CD74配受体；
在其中58个显著配受体对涉及基因中，33个基因在TCGA tumor/normal差异表达；16个基因在IMvigor210 response/nonresponse差异表达；
结合空间转录组数据集(GSE171351)对上述中的两个配受体共表达进行了验证。