Demo上新 || 百创S3000空间转录芯片鼠脑Demo数据
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助力中国制造
百创S3000空间转录芯片小鼠脑Demo数据
1百创智造S3000空间单细胞分割实测数据
物种信息：小鼠 测序策略：Illumina PE150 分析软件：BSTMatrix（下载链接：http://www.bmkmanu.com/portfolio/tools ） 参考基因组版本：GRCm38_release95 Demo数据下载链接：http://www.biomarker.com.cn/archives/32484
2实测数据分析结果概览
细胞分割结果
Type | Number of Cells | Median Genes per Cells | Median UMI Counts per Cells | Total Genes Detected |
|---|---|---|---|---|
Value | 94020 | 1999 | 3892 | 37080 |
基于细胞分割的聚类结果
3数据情况
Type | Number | Percent(%) |
|---|---|---|
Number of Reads | 1,647,163,344 | |
Valid Barcodes | 1,518,333,646 | 92.18 |
Valid UMIs | 1,634,484,110 | 99.23 |
Final Valid Reads | 1,517,476,104 | 92.13 |
4比对概览
Type | Percent(%) |
|---|---|
Reads Mapped to Genome | 98.14% |
Reads Mapped Confidently to Genome | 87.40% |
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions | 3.36% |
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions | 3.94% |
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions | 80.10% |
Reads Mapped Confidently to Transcriptome | 80.15% |
5饱和度
Tpyes | Sequencing Saturation | Fraction Reads in Spots Under Tissue |
|---|---|---|
Values | 68.67% | 92.07% |
6多级分辨率结果
基于BIN的部分多级聚类结果
7百创S3000脑数据与某平台数据Demo比较
百创S3000空间转录芯片
百创空间转录组以原片无错高清H&E+原片无错荧光+原片测序，“三片合一”实现精准的细胞分割，将空间转录组推进到单细胞分辨率的领域。
本着持续创新，深耕时空领域的决心，又经过潜心研发，百创智造于2024年3月27日在山东青岛正式发布了百创S3000空间转录组芯片，让空间组学的性能再进一步。
百创S3000在6.8mm*6.8mm的捕获区域内铺设了4,144,770个捕获位点，相邻两个捕获位点的中心距为3.5μm。
相较于现在广受市场认可与好评的百创S1000转录组芯片，捕获位点数提升近2倍，分辨率同样提升近2倍
在相同的测序饱和度下，单细胞级别分辨率下中位UMI提升了30%~70%，中位基因数提升30%-60% 。
青岛百创智能制造技术有限公司
青岛百创智能制造技术有限公司（简称百创智造），隶属于北京百迈客生物科技有限公司。百迈客生物成立于2009年，是一家提供基因多组学测序服务和单细胞空间组学仪器设备的高新技术企业。业务包括科技服务、智能制造(百创智造)二大板块。百创智造深耕于单细胞及空间技术领域，以相关领域仪器设备、芯片及试剂耗材产品的研发生产和销售为主要业务，致力于提供精准时空组学解决策略。公司现拥有自主研发的基于微孔微球的亚细胞级百创S系列空间转录组平台，极速单细胞平台BMKMANU DG1000。