http://lammps.sandia.gov/ 。
简介
LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）是一款经典分子动力学软件。 LAMMPS包含的势可用于固体材料（金属、半导体）、软物质（生物大分子，聚合物）、粗粒化或介观尺度模型体系。
算例 1 "3d Lennard-Jones melt"
准备工作
1. 在集群创建完成之后，需要为集群新建用户，只有普通用户可以提交作业。新建用户详细操作，请参见用户管理。
| 名称 | 版本 |
|---|---|
| lammps-openmpi | 31Mar17 |
| lammps-mpich | 31Mar17 |
| mpich | 3.2 |
| openmpi | 1.10.7 |
| vmd | 1.9.3 |
操作步骤
1. 进入EHPC控制台作业界面，选择右上角创建作业。
2. 在创建作业页面左侧设置作业基本参数：作业名（如LammpsTestf1），用户名（如testuser1），用户密码，调度器队列等，和作业执行命令：./lammps.pbs 。
3. 在创建作业页面右侧依次选择“新建文件”->“使用文件模板”->“pbs demo”和“3d Lennard-Jones melt”，对pbs demo脚本和3d Lennard-Jone melt文件进行编辑，得到运行作业的pbs脚本和3d Lennard-Jones melt算例文件lj.in。
- lammps.pbs脚本：
#!/bin/sh
#PBS -l select=1:ncpus=1:mpiprocs=1
#PBS -j oe
export MODULEPATH=/opt/ehpcmodulefiles/
module load lammps-openmpi/31Mar17
module load openmpi/1.10.7
echo "run at the beginning"
mpirun lmp -in ./lj.in- lj.in算例文件：
# 3d Lennard-Jones melt
variable x index 1
variable y index 1
variable z index 1
variable xx equal 20*$x
variable yy equal 20*$y
variable zz equal 20*$z
units lj
atom_style atomic
lattice fcc 0.8442
region box block 0 ${xx} 0 ${yy} 0 ${zz}
create_box 1 box
create_atoms 1 box
mass 1 1.0
velocity all create 1.44 87287 loop geom
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5
neighbor 0.3 bin
neigh_modify delay 0 every 20 check no
fix 1 all nve
dump 1 all xyz 100 /home/testuser1/sample.xyz
run 100004. 设置完成之后，点击确认提交作业。作业个性化配置、作业导入、导出和作业状态查看，请参见作业管理。
[testuser1@login0 ~]$ ls
lammps.pbs LammpsTestf1.o0 lj.in log.lammps sample.xyz
[testuser1@login0 ~]$ cat LammpsTestf1.o0
run at the beginning
LAMMPS (31 Mar 2017)
......命令行提交作业
1. 集群界面，选择“远程连接”按钮，远程登录集群实例，在实例界面右上角选择打开新文件树，用户目录（如：testuser1）下直接创建作业脚本文件lammps.pbs和算例数据文件lj.in（文件内容同上），两个文件均保存在用户目录下，如：/home/testuser1。
- 创建lammps.pbs作业文件步骤：
打开新文件树-->双击进入home/testuser1目录下-->home文件夹右键新建文件lammps.pbs文件-->创建完之后，双击打开该文件直接编辑脚本内容，然后右上角点击保存即可。
- 创建lj.in算例数据文件步骤：
打开新文件树-->双击进入home/testuser1目录下-->home文件夹右键新建文件lj.in文件-->创建完之后，双击打开该文件直接编辑内容，然后右上角点击保存即可。
2. 文件保存在目录之后，在当前界面使用如下命令提交并查看作业运行情况：
说明：不能使用root用户登录提交作业。
[testuser1@login0 ~]$ cd ~
[testuser1@login0 ~]$ qsub -N LammpsTestf1 lammps.pbs
0.scheduler
[testuser1@login0 ~]$ qstat -fx 0.scheduler #作业 ID
Job Id: 0.scheduler
Job_Name = LammpsTestf1
Job_Owner = testuser1@scheduler
resources_used.cpupercent = 89
resources_used.cput = 00:05:04
resources_used.mem = 33784kb
resources_used.ncpus = 1
resources_used.vmem = 634672kb
resources_used.walltime = 00:05:15
job_state = F
queue = workq
server = scheduler
Checkpoint = u
ctime = Tue Apr 7 16:23:46 2020
Error_Path = scheduler:/home/testuser1/LammpsTestf1.e0
exec_host = compute000/0
exec_vnode = (compute000:ncpus=1)
Hold_Types = n
Join_Path = oe
Keep_Files = n
Mail_Points = a
mtime = Tue Apr 7 16:29:01 2020
Output_Path = scheduler:/home/testuser1/LammpsTestf1.o0
Priority = 0
qtime = Tue Apr 7 16:23:46 2020
Rerunable = True
Resource_List.mpiprocs = 1
Resource_List.ncpus = 1
Resource_List.nodect = 1
Resource_List.place = free
Resource_List.select = 1:ncpus=1:mpiprocs=1
stime = Tue Apr 7 16:23:46 2020
session_id = 31684
jobdir = /home/testuser1
substate = 92
Variable_List = PBS_O_HOME=/home/testuser1,PBS_O_LANG=en_US.UTF-8,
PBS_O_LOGNAME=testuser1,
PBS_O_PATH=/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/usr
/local/pbs/bin:/home/testuser1/.local/bin:/home/testuser1/bin,
PBS_O_MAIL=/var/spool/mail/testuser1,PBS_O_SHELL=/bin/bash,
PBS_O_WORKDIR=/home/testuser1,PBS_O_SYSTEM=Linux,PBS_O_QUEUE=workq,
PBS_O_HOST=scheduler
comment = Job run at Tue Apr 07 at 16:23 on (compute000:ncpus=1) and finish
ed
etime = Tue Apr 7 16:23:46 2020
run_count = 1
Stageout_status = 1
Exit_status = 0
Submit_arguments = -N LammpsTestf1 -p 0 ./lammps.pbs
history_timestamp = 1586248141
project = _pbs_project_default[testuser1@login0 ~]$ ls
lammps.pbs LammpsTestf1.o0 lj.in log.lammps sample.xyz
[testuser1@login0 ~]$ cat LammpsTestf1.o0
run at the beginning
LAMMPS (31 Mar 2017)
......
