GTX-FPGA产品是由未来实验室 GTX-Laboratory开发的全基因组分析加速工具,采用CPU和FPGA协同工作的异构加速技术,利用各自的特性进行基因数据的高性能计算。可以将30X的全基因组数据分析时间从30小时缩短至30分钟;将100X全外显子数据分析时间从6小时缩短至5分钟完成。
GTX-FPGA 分析主要包括:index(构建索引)、align(基因组对比)、 vc(突变检测)、wgs(整合,将alin 和 vc 整合到一起,下文中的 GTX one也是指该步骤)等步骤。
本文主要介绍如果通过阿里云批量计算直接使用 GTX-FPGA 产品,实现全基因组数据分析、全外显子数据分析作业一键式运行。
GTX-FPGA 支持WDL模式运行以及DAG作业模式运行。
WDL 模式使用方式请参考文档
下载 DAG 作业示例代码。
其中:
genGtxIndexCmd 则是对应 GTX 的建索引命令;命令使用方法可以参考代码中帮助信息。genGtxWgsCmd 则是对应 GTX one的命令;命令使用方法可以参考代码中帮助信息。genGtxAlignCmd 则是对应 GTX 基因组对比命令;命令使用方法可以参考代码中帮助信息。genGtxVcCmd 则是对应 GTX 突变检测命令;命令使用方法可以参考代码中帮助信息。
python test.py --reference oss://xxx/ref/hg19.fa --fastq1 oss://xxx/input/human30x_10m_1.fastq --fastq2 oss://xxxx/_input/human30x_10m_2.fastq --output oss://xxx/testoutput/
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