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数据科学（冷冻工厂）
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单细胞分析(Signac)： PBMC scATAC-seq 整合
可视化
数据
coding
对象
函数
在本教学指南中，我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞ATAC-seq数据集。
科学冷冻工厂
2024-05-27
124
0
单细胞分析(Signac)： PBMC scATAC-seq 聚类
数据处理
变量
函数
数据
索引
在本教学指南中，我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞ATAC-seq数据集。
科学冷冻工厂
2024-05-27
75
0
单细胞分析(Signac)： PBMC scATAC-seq 质控
函数
数据
异常
存储
对象
在本教学指南中，我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞ATAC-seq数据集。本节中所涉及的所有文件均可在10x Genomics的官方网站上找到：
科学冷冻工厂
2024-05-27
137
0
Linux｜如何在 awk 中使用流控制语句
linux
awk
工作
脚本
语法
当您从 Awk 系列一开始回顾我们迄今为止介绍的所有 Awk 示例时，您会注意到各个示例中的所有命令都是按顺序执行的，即一个接一个。但在某些情况下，我们可能希望根据某些条件运行一些文本过滤操作，这就是流程控制语句的方法。
科学冷冻工厂
2024-05-27
64
0
Python网络数据抓取（7）：Selenium 模拟
selenium
数据
网络
python
网站
Selenium 是一个用于测试网页和网络应用的框架。它兼容多种编程语言，并且除了 Chrome 浏览器之外，还能得到其他多种浏览器的支持。Selenium 提供了应用程序编程接口（API），以便与你的浏览器驱动程序进行交互。
科学冷冻工厂
2024-05-27
96
0
深度学习：Pytorch 与 Tensorflow 的主要区别（2）
神经网络
深度学习
pytorch
框架
tensorflow
目前，Python 深度学习领域已经涌现出多个由科技界巨头如 Google、Facebook 和 Uber 等公司公开发布的框架，这些框架旨在帮助开发者构建先进的计算架构。对于刚接触这一领域的你来说，深度学习是计算机科学中的一个分支，它通过模仿人脑结构的人工神经网络，赋予计算机以类似人类的智能，使其能够解决现实世界的问题。
科学冷冻工厂
2024-05-27
113
0
单细胞分析(Signac)： PBMC scATAC-seq 预处理
存储
对象
函数
软件
数据
在本教学指南中，我们将探讨由10x Genomics公司提供的人类外周血单核细胞（PBMCs）的单细胞ATAC-seq数据集。本节中所涉及的所有文件均可在10x Genomics的官方网站上找到：
科学冷冻工厂
2024-05-17
121
0
Linux｜如何允许 awk 使用 Shell 变量
脚本
linux
shell
awk
变量
当我们编写 shell 脚本时，我们通常会在脚本中包含其他较小的程序或命令，例如 awk 操作。就 Awk 而言，我们必须找到将一些值从 shell 传递到 Awk 操作的方法。
科学冷冻工厂
2024-05-17
83
0
Python网络数据抓取（6）：Scrapy 实战
python
scrapy
变量
数据
网络
它是一个功能强大的Python框架，用于以非常灵活的方式从任何网站提取数据。它使用 Xpath 来搜索和提取数据。它很轻量级，对于初学者来说很容易理解。
科学冷冻工厂
2024-05-17
71
0
Pytorch 与 Tensorflow：深度学习的主要区别（1）
深度学习
pytorch
开发
框架
tensorflow
目前，Python 深度学习领域已经涌现出多个由科技界巨头如 Google、Facebook 和 Uber 等公司公开发布的框架，这些框架旨在帮助开发者构建先进的计算架构。对于刚接触这一领域的你来说，深度学习是计算机科学中的一个分支，它通过模仿人脑结构的人工神经网络，赋予计算机以类似人类的智能，使其能够解决现实世界的问题。
科学冷冻工厂
2024-05-17
192
0
单细胞分析：多模态 reference mapping (2)
mapping
reference
对象
数据
索引
本文[1]介绍了如何在Seurat软件中将查询数据集与经过注释的参考数据集进行匹配。我们展示了如何将来自不同个体的人类骨髓细胞（Human BMNC）的人类细胞图谱（Human Cell Atlas）数据集，有序地映射到一个统一的参考框架上。
科学冷冻工厂
2024-05-17
66
0
Linux｜了解如何使用 awk 内置变量
fs
变量
系统
linux
awk
当我们揭开 Awk 功能部分时，我们将介绍 Awk 中内置变量的概念。您可以在 Awk 中使用两种类型的变量：用户定义的变量和内置变量。
科学冷冻工厂
2024-05-17
73
0
Python网络数据抓取（5）：Pandas
python
网站
pandas
数据
网络
Pandas 是一个 Python 库，它提供灵活的数据结构，使我们与数据的交互变得非常容易。我们将使用它将数据保存在 CSV 文件中。
科学冷冻工厂
2024-05-08
86
0
单细胞分析：多模态 reference mapping (1)
可视化
数据
mapping
reference
函数
本文[1]介绍了如何在Seurat软件中将查询数据集与经过注释的参考数据集进行匹配。以一个实例来说，我们把10X Genomics公司早期发布的一个包含2700个外周血单核细胞（PBMC）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，与我们最近创建的一个使用228种抗体测量的、包含162,000个PBMC的CITE-seq参考数据集进行匹配。这个例子用来说明，在参考数据集的帮助下进行的有监督分析，是如何帮助我们识别那些仅通过无监督分析难以发现的细胞状态。在另一个例子中，我们展示了如何将来自不同个体的人类骨髓细胞（Human BMNC）的人类细胞图谱（Human Cell Atlas）数据集，有序地映射到一个统一的参考框架上。
科学冷冻工厂
2024-05-07
110
0
从头开始构建 Transformer: 注意力机制
神经网络
模型
数据
性能
原理
Transformer 模型已经遍布各个领域，它们构成了像 ChatGPT 这样的当代语言模型的核心。这些模型还协助了如 Stable Diffusion 和 Dall-E 这样的创造性模型，它们能够根据用户提供的提示生成图像。在许多不同的领域，Transformer 模型正与其他类型的模型架构展开激烈的竞争。
科学冷冻工厂
2024-05-07
132
0
Linux | awk 特殊模式“BEGIN 和 END”
linux
awk
com
脚本
域名
在本文[1]，我们将介绍Awk的更多特性，特别是两个特殊的模式：BEGIN和END。
科学冷冻工厂
2024-05-07
89
0
基因组组装：NextDenovo2 使用大全
数据
线程
测试
工具
进程
NextDenovo 是一种针对长序列读取（包括CLR和ONT技术）的新型基因组组装工具。它采取了一种“先校正错误再进行组装”的方法，这与canu工具类似，但对于PacBio HiFi读取数据则无需进行校正。相较于其他工具，NextDenovo在计算资源和存储空间的需求上要小得多。完成组装后，每个碱基的准确率可以达到98%至99.8%。如果您希望进一步提升单个碱基的精确度，可以尝试使用NextPolish工具进行优化。
科学冷冻工厂
2024-04-28
90
0
Linux｜Awk 变量、数字表达式和赋值运算符
存储
awk
变量
脚本
linux
本部分[1]将深入学习 Awk 的高级应用，以应对更为复杂的文本或字符串过滤任务。将介绍包括变量、数值表达式和赋值运算符在内的 Awk 功能。
科学冷冻工厂
2024-04-28
114
0
单细胞分析｜整合 scRNA-seq 和 scATAC-seq 数据
数据
annotations
工作
函数
量化
单细胞转录组学极大地提升了对细胞状态进行分类的能力，但要深入理解生物学现象，不能仅仅停留在对细胞群的简单列举上。随着新方法的不断涌现，用于测量细胞的不同状态，一个关键的挑战是如何将这些数据集整合起来，以便更全面地理解细胞的特性和功能。
科学冷冻工厂
2024-04-28
254
0
Python网络数据抓取（4）：Beautiful Soup
python
存储
产品
数据
网络
这个库通常被称为Beautiful Soup 4（BS4）。它主要用来从HTML或XML文件中抓取数据。此外，它也用于查询和修改HTML或XML文档中的数据。
科学冷冻工厂
2024-04-28
84
0
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