腾讯云
开发者社区
文档
建议反馈
控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
搜索
搜索
关闭
发布
登录/注册
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
返回腾讯云官网
生信菜鸟团
专栏作者
举报
585
文章
955421
阅读量
161
订阅数
订阅专栏
申请加入专栏
全部文章（585）
数据（167）
https（108）
网络安全（96）
数据库（69）
数据分析（65）
编程算法（61）
函数（51）
data（42）
python（41）
工具（37）
github（35）
sql（33）
可视化（28）
git（27）
对象（27）
腾讯云开发者社区（26）
na（26）
软件（25）
开源（23）
模型（20）
cell（19）
机器学习（18）
linux（17）
html（16）
神经网络（16）
深度学习（16）
变量（16）
算法（16）
meta（15）
table（14）
索引（14）
markdown（13）
网络（13）
ide（12）
人工智能（11）
数据处理（11）
测试（11）
统计（11）
go（10）
网站（10）
list（10）
开发（10）
排序（10）
芯片（10）
存储（9）
编码（9）
数据挖掘（8）
http（8）
容器（8）
marker（8）
教程（8）
系统（8）
线程（8）
容器镜像服务（7）
tcp/ip（7）
数据结构（7）
队列（7）
配置（7）
设计（7）
线性回归（6）
file（6）
pdf（6）
服务器（6）
基础（6）
搜索（6）
element（5）
input（5）
label（5）
笔记（5）
表格（5）
工作（5）
框架（5）
连接（5）
事件（5）
压缩（5）
异常（5）
mac os（4）
php（4）
bash（4）
r 语言（4）
bootstrap（4）
api（4）
访问管理（4）
express（4）
windows（4）
nat（4）
迁移（4）
count（4）
int（4）
matrix（4）
object（4）
size（4）
text（4）
编译（4）
二进制（4）
图表（4）
源码（4）
对象存储（3）
官方文档（3）
javascript（3）
node.js（3）
jquery（3）
json（3）
typescript（3）
硬件开发（3）
打包（3）
matlab（3）
文件存储（3）
SSL 证书（3）
文字识别（3）
腾讯云测试服务（3）
图像处理（3）
渲染（3）
缓存（3）
numpy（3）
scikit-learn（3）
anaconda（3）
微信（3）
bug（3）
com（3）
plot（3）
server（3）
signature（3）
subset（3）
time（3）
width（3）
编程（3）
脚本（3）
镜像（3）
内存（3）
实践（3）
视频（3）
通信（3）
性能（3）
c++（2）
自动化（2）
爬虫（2）
正则表达式（2）
监督学习（2）
决策树（2）
gcc（2）
信息流（2）
云计算（2）
聚类算法（2）
ascii（2）
学习方法（2）
教育（2）
bi（2）
cut（2）
d3（2）
date（2）
expression（2）
frame（2）
fs（2）
ggplot2（2）
global（2）
height（2）
image（2）
lapply（2）
merge（2）
min（2）
nas（2）
null（2）
panel（2）
pca（2）
position（2）
profile（2）
ps（2）
screen（2）
set（2）
snakemake（2）
tfs（2）
txt（2）
using（2）
variant（2）
报表（2）
部署（2）
产品（2）
登录（2）
翻译（2）
工作流（2）
集合（2）
计算机（2）
解决方案（2）
量化（2）
论文（2）
配色（2）
权限（2）
调试（2）
终端（2）
字符串（2）
费用中心（1）
NLP 服务（1）
ios（1）
xcode（1）
c 语言（1）
perl（1）
css（1）
ecmascript（1）
android（1）
qt（1）
access（1）
analyzer（1）
ubuntu（1）
windows server（1）
bash 指令（1）
spring（1）
mapreduce（1）
云直播（1）
腾讯云可观测平台（1）
命令行工具（1）
NAT 网关（1）
检测工具（1）
知识图谱（1）
腾讯专有云 PaaS 平台（1）
数据备份（1）
生物基因（1）
云联网（1）
serverless（1）
shell（1）
spark（1）
html5（1）
卷积神经网络（1）
hive（1）
scrapy（1）
rpc（1）
模式识别（1）
无监督学习（1）
ntp（1）
大数据（1）
安全（1）
数据可视化（1）
jupyter notebook（1）
分类算法（1）
es（1）
项目管理（1）
accessibility（1）
ads（1）
alignment（1）
analysis（1）
apple（1）
architecture（1）
auto（1）
aws（1）
axis（1）
breakpoints（1）
bundle（1）
class（1）
coding（1）
colors（1）
conda（1）
core（1）
crc（1）
database（1）
dataset（1）
db（1）
deprecated（1）
distance（1）
double（1）
download（1）
draw（1）
dt（1）
error（1）
export（1）
extract（1）
figure（1）
formula（1）
function（1）
gc（1）
gd（1）
geo（1）
grid（1）
hdf5（1）
heatmap（1）
homebrew（1）
identity（1）
integration（1）
intervals（1）
io（1）
key（1）
limit（1）
line（1）
location（1）
ls（1）
mac（1）
map（1）
match（1）
max（1）
mef（1）
memory（1）
model（1）
mono（1）
native（1）
normalization（1）
numeric（1）
package（1）
pipeline（1）
png（1）
post（1）
profiling（1）
project（1）
proxy（1）
ref（1）
regression（1）
roc（1）
rstudio（1）
save（1）
shared（1）
shiny（1）
split（1）
state（1）
summary（1）
tail（1）
tar（1）
target（1）
tibble（1）
tmux（1）
token（1）
traits（1）
tree（1）
ui（1）
umi（1）
unique（1）
var（1）
variables（1）
web（1）
window（1）
x86（1）
zero（1）
备份（1）
编译器（1）
播客（1）
布局（1）
操作系统（1）
插件（1）
公众号（1）
行业（1）
集群（1）
科技（1）
快捷键（1）
命令行（1）
日志（1）
数据类型（1）
思维导图（1）
效率（1）
协议（1）
研发（1）
优化（1）
语法（1）
数据转换（1）
搜索文章
搜索
搜索
关闭
为什么不同来源单细胞亚群都可以细分到同样的亚群？
数据
图表
数据分析
笔记
入门
写在笔记开始之前：好像大家不怎么知道我们生信技能树团队有一个生物信息学入门课，详见；生物信息学马拉松授课（买一得五）
生信菜鸟团
2024-05-11
14
0
【新的合辑】单细胞测序时代的中性粒细胞
cell
后台
以下是后续新的专辑的目录大纲，也非常诚挚地希望大家对这个专辑的方向或者内容提供更多的建议和指导——
生信菜鸟团
2024-05-11
11
0
如何去掉数据中的离群样本？
pca
编码
表格
数据
异常
当我们拿到一组数据想要开始分析时，做的第一件事情就是质控，看一下数据怎么样，是否适用于我们的分析流程，以及某些低表达或极端表达的基因和样本是否应该删除更利于分析结果。今天分享一下如何删除离群样本，并探索一下是否有生物学意义。
生信菜鸟团
2024-05-11
18
0
转移性尿路上皮癌全基因组测序
编码
队列
开发
数据
数据处理
尿路上皮癌（UC）是一种在分子和临床上具有异质性的疾病。尽管对原发性UC的分子特征已有研究，但对转移性尿路上皮癌（mUC）的全面分子特征分析仍然缺乏。由于mUC的致死率高且治疗选择有限，对mUC的多组学特征分析可能有助于改善患者对新旧疗法的选择。
生信菜鸟团
2024-05-11
22
0
敲减过表达前后转录组差异最好是都做一下
迁移
变量
模型
数据
统计
这种方法可以揭示基因表达的变化，发现新的生物学标记，以及理解基因表达调控的复杂性。在生物学和医学研究中，对特定基因进行过表达（过表达，即让基因表达水平高于正常生理状态）或敲减（降低基因表达水平，包括完全敲除或部分抑制）是一种常用的功能性分析方法。通过这些技术，研究人员可以探究基因的功能以及它们在生物学过程或疾病发生中的作用。以下是进行这类实验的几个主要原因：
生信菜鸟团
2024-05-11
18
0
转录组测序的count矩阵如何去批次呢（sva包的ComBat_seq函数）
count
函数
框架
模型
数据
很容易就拿到了count矩阵，但是早期大家喜欢RPKM（Reads Per Kilobase per Million reads）、FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments）和TPM（Transcripts Per Million），这三种常用标准化指标。
生信菜鸟团
2024-05-11
21
0
分享一种快速下载SRA数据集的方法
工具
数据
数据库
存储
编程
大家好！我们都知道在进行生物信息分析的时候，会用到原始数据fastq文件。但是，我们想利用别人的测序数据进行重分析时，一般不能直接从NCBI数据库中下载到fastq文件，而是要先下载SRA数据。那么，如何能高效下载SRA数据呢，目前主要的方式包括5种：通过NCBI官方提供的SRA Toolkit工具进行下载；通过链接直接下载或Linux中的wget下载；利用aspera 高速下载；利用grabseqs 工具下载；运用python爬虫等工具进行辅助下载。这几种方式已有很多小伙伴发了帖子，想要使用哪种方式直接问度娘就好！
生信菜鸟团
2024-05-11
19
0
VEP注释结果怎么看？
翻译
工具
coding
variant
编码
众所周知，对于VCF文件的注释常用的有VEP、SnpEff、ANNOVAR等，软件各有优势，选择哪个工具通常取决于具体的分析需求、数据类型和用户的技术背景。例如，VEP因其提供的丰富注释信息和易用性而被广泛使用。今天就先来详细了解一下VEP的注释结果。
生信菜鸟团
2024-05-11
23
0
多分组表达量矩阵的层次聚类和组合pca分析
数据库
list
matrix
pca
table
上面的结果通常是ensembl数据库的id，需要转换为人类可以看得懂的symbol名字。
生信菜鸟团
2024-04-30
135
0
单细胞+bulkRNA分析前列腺癌中巨噬细胞相关基因
队列
数据
算法
pca
变量
英文标题：Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 期刊：Aging (Albany NY). 2024 Apr 24:16. 影响因子：2区5.2 DOI: 10.18632/aging.205727 研究领域：单细胞
生信菜鸟团
2024-04-30
120
0
都是百万单细胞起步了吗
数据分析
报表
数据
数据库
存储
也就是说，普通人其实并没有这个能力也不需要面临这样的130万这个数量级的单细胞转录组数据的烦恼！我们拿这个HRA002184数据集举例：
生信菜鸟团
2024-04-25
138
0
【孟德尔随机化】孟德尔随机化的meta分析
io
meta
相当于对多个gwas研究进行了meta分析，最后得到了总的IVW Estimate。
生信菜鸟团
2024-04-25
140
0
GEO数据库的多个表达量数据集的整合分析方法（表达量芯片和转录组测序）
geo
软件
数据
芯片
数据库
在进行数据挖掘的时候，我们往往会筛选到不止一个符合我们预期的数据集，这些数据集来源于不同的研究人员。这样得到的这些数据集就会存在我们所谓的批次效应，如不同实验时间、不同实验批次、不同处理方法、不同测序平台等。遇到这一情况，我们该如何选择数据和处理数据呢？如果我们只选择一个数据集进行分析，貌似有点不太能说明其他研究人员的研究结果，但如果把所有符合我们实验目标的数据集都能拿来分析又有点无从下手。这里，我们就来介绍一下面对多个GEO数据集，我们该怎么处理？
生信菜鸟团
2024-04-25
135
0
中国人肝癌全基因组项目部分图表重现
数据库
可视化
事件
数据
图表
前面推文介绍过文章 Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas，详情见：中国人肝癌全基因组项目。
生信菜鸟团
2024-04-25
114
0
读《网络数据的统计分析：R语言实践》
实践
数据
网络
数据分析
工具
我与网络(Network)的缘分也就此拉开。在这篇文章中，介绍了网络的基本概念：图、网、边、节点、长度、直径。在今后慢慢的咀嚼中，内化为我最近经常讲的一句话：做数据挖掘，有时候就是在找关系。
生信菜鸟团
2024-04-25
109
0
整合单细胞和空转数据多种方法之R包semla
算法
label
函数
可视化
数据
我注意到这个R包也提供了一个整合单细胞和空转数据的算法NNLS（https://ludvigla.github.io/semla/articles/cell_type_mapping_with_NNLS.html）。因此，本文对这个算法进行测试。
生信菜鸟团
2024-04-25
92
0
Salmon — 兼具高效、精准及偏差感知的RNA-seq定量工具
工具
数据
索引
线程
二进制
前面介绍了alevin 的单细胞定量功能，见 Alevin — 更快的单细胞定量，其也只是Salmon软件的一个组成部分，今天我们就再来学习一下 Salmon 其最初的功能 —— 转录组定量
生信菜鸟团
2024-04-25
118
0
化脓性汗腺炎和银屑病单细胞数据复现2-小提琴图复现
int
text
数据
axis
element
生信菜鸟团
2024-04-18
76
0
【孟德尔随机化】GTEx数据和gwas数据可以直接MR吗？
file
merge
na
数据
data
生信菜鸟团
2024-04-18
115
0
Alevin — 更快的单细胞定量
二进制
内存
数据
索引
线程
Alevin 是一个专为单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据设计的软件工具，它是Salmon软件的一个组成部分，由Rob Patro及其研究团队开发。其具有以下特性
生信菜鸟团
2024-04-18
102
0
点击加载更多
社区活动
RAG七天入门训练营
鹅厂大牛手把手带你上手实战
立即学习
Python精品学习库
代码在线跑，知识轻松学
立即查看
博客搬家 | 分享价值百万资源包
自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼
立即体验
技术创作特训营·精选知识专栏
往期视频·千货材料·成员作品 最新动态
立即查看
领券
问题归档
专栏文章
快讯文章归档
关键词归档
开发者手册归档
开发者手册 Section 归档
http://www.vxiaotou.com