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上面的结果通常是ensembl数据库的id,需要转换为人类可以看得懂的symbol名字。
英文标题:Comprehensive analysis of macrophage-related genes in prostate cancer by in...
也就是说,普通人其实并没有这个能力也不需要面临这样的130万这个数量级的单细胞转录组数据的烦恼!我们拿这个HRA002184数据集举例:
相当于对多个gwas研究进行了meta分析,最后得到了总的IVW Estimate。
在进行数据挖掘的时候,我们往往会筛选到不止一个符合我们预期的数据集,这些数据集来源于不同的研究人员。这样得到的这些数据集就会存在我们所谓的批次效应,如不同实验...
前面推文介绍过文章 Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas,详情见:中国人肝癌全...
我与网络(Network)的缘分也就此拉开。在这篇文章中,介绍了网络的基本概念:图、网、边、节点、长度、直径。在今后慢慢的咀嚼中,内化为我最近经常讲的一句话:做...
我注意到这个R包也提供了一个整合单细胞和空转数据的算法NNLS(https://ludvigla.github.io/semla/articles/cell_t...
前面介绍了alevin 的单细胞定量功能,见 Alevin — 更快的单细胞定量,其也只是Salmon软件的一个组成部分,今天我们就再来学习一下 Salmon ...
Alevin 是一个专为单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据设计的软件工具,它是Salmon软件的一个组成部分,由Rob Patro及其研究团队开发。其具...
今天给大家复现上次提到的Nature文章中对单细胞不同亚群的特征基因进行展示的气泡图。
如果使用monocle(非monocle3)进行轨迹分析的话,由于这个包比较古老了,年久失修,所以monocle的函数则大概会报一个错误“Error: the ...
这里我用了一篇文章的补充材料提供的暴露作为示例Phenome-wide Mendelian randomisation analysis of 378,142 ...
单细胞技术的核心是能够从单一细胞获取高通量的基因表达数据。与传统的基因表达分析相比,它不是测量一个样本中成千上万细胞的平均表达,而是能够揭示个别细胞之间的差异,...
全世界近40%的作物产量因病虫害而损失,植物育种家和研究人员在寻找与植物抗病机制有关的基因方面付出了巨大的努力。植物通过进化发展出了识别潜在病原体和捕食者的能力...
BD和10x是两种常见的单细胞测序技术平台。我们已经分享了很多的10x 测序的教程。
ESCC 占食管癌 80% 以上,临床数据显示,在进行根治性放化疗 CRT 之后,3年生存率 OS 小于 50%,虽然PD-1 抑制剂联合化疗被推荐作为晚期 E...
单细胞转录组学表明,IL-17A/F 在日光性皮炎和银屑病中具有不同的上游驱动力。
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