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Cancer SVG模块显示了主要富集于肾癌(8323个基因)、肝癌(6380个基因)和黑色素瘤(5964个基因)的48043个SVG的来源和特征。包括基...
在当今生命科学领域,空间组学技术(spatial omics technologies)已成为揭示生物组织结构与功能复杂交互关系的重要工具。这些技术通过在组织特...
单细胞rna测序(scRNA-seq)是一种强大的实验方法,为基因表达分析提供细胞分辨率。随着scRNA-seq技术的广泛应用,分析scRNA-seq数据的方法...
这个内容其实在stlearn中介绍过,文章在时空轨迹和空间细胞相互作用,其重要的目的是
肿瘤微环境(tumor microenvironment, TME)是一个复杂的网络,在这个网络中,肿瘤细胞不仅相互沟通,还与基质细胞和免疫细胞沟通。TME中的...
ST结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)的优势使基因表达谱能够直接在组织内与二维空间信息相结合。与scRNA-seq分析中的聚类方法相比,ST在评估基因表...
细胞以多种方式与其微环境进行交流,包括释放可溶性分子和直接细胞接触,积极改变其转录组以响应外部信号。为了深入了解关键的生物过程,如疾病和发育,了解细胞间交流的各...
OSF和OSCC均以广泛的免疫细胞浸润为特征。然而,不同的免疫细胞在OSF来源的OSCC进展中的具体作用仍然是未知的。因此,首先表征了OSF来源的OSCC组织中...
空间转录组学(ST)技术正在迅速成熟,能够在转录组尺度上对基因表达进行高分辨率的原位测量。这些技术包括Merfish、SeqFISH+、Visium、Slide...
Single-cell NicheNet’s ligand activity analysis
关于python版本的“hotspot”,参考文章空间转录组niche通路富集与空间“hotspot”
Performance evaluation of GPT-4 in cell type annotation
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