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#marker

FeatureScatter散点图

生信技能树jimmy 6小时前2024-05-11 17:19:19

在ncount_RNA 和nFeature_RNA辅助过滤中，使用小提琴图对所有细胞中检测到的分子总数（ncount_RNA ）以及基因数量（nFeature_...

1200

? CellMarker | 人骨骼肌组织细胞Marker大全！~（强烈建议火速收藏！）

生信漫卷 3天前2024-05-08 15:50:20

分享一下最近看到的2篇paper关于骨骼肌组织的细胞Marker，绝对的Atlas级好东西。?

11510

人海绵体单细胞转录组图谱

生信技能树jimmy 13天前2024-04-28 11:16:24

文章标题：《Single-cell transcriptome atlas of the human corpus cavernosum》

8710

SCInter——人和小鼠单细胞转录组综合数据库

生信技能树 2024-03-252024-03-25 15:38:57

文章：Zhao, J., Wang, Y., Feng, C., Yin, M., Gao, Y., Wei, L., ... & Li, C. (2024)....

11010

scanpy和seurat的所有Marker基因可视化方法帮你打包好啦

生信技能树jimmy 2024-03-212024-03-21 12:11:49

我们在进行单细胞亚群命名时，是通过Marker基因来确定细胞的身份。然而在注释过程中，Marker基因的可视化是必不可少的，以前我们做了一个投票：可视化单细胞亚...

38410

文献分享——scRNA-seq的细胞亚群注释所用的挑选marker gene的方法比较。

生信菜鸟团 2024-03-182024-03-18 13:57:37

标记基因（marker gene）的概念与差异表达（DE）基因的概念密切相关，但两个概念并不是不同义词。严格来说，标记基因选择是DE基因鉴定的一个子集，有效且有...

18310

乳腺癌第一层次降维聚类分群复现

生信技能树jimmy 2024-03-182024-03-18 10:24:13

最近在复现一篇文章《A comprehensive single-cell map of T cell exhaustion-associated immune...

10210

Marker 源码解析（二）

ApacheCN_飞龙 2024-03-092024-03-09 08:46:43

9510

Marker 源码解析（一）

ApacheCN_飞龙 2024-03-092024-03-09 08:45:58

9210

转录调控研究遇瓶颈？解读lncRNA信息开辟新思路

生信技能树jimmy 2024-01-162024-01-16 12:19:33

有趣的是，从VITA单细胞平台数据中发现的这些lncRNA marker与各个细胞类型的mRNA marker呈现出明显的相关性（图5），进一步为这些lncRN...

12710

—款能将各类文件转换为 Markdown 格式的AI工具—Marker

山行AI 2023-12-062023-12-06 17:32:02

Marker 能够将 PDF、EPUB 和 MOBI 文件转换为 Markdown 格式。它比 nougat 快 10 倍，在大多数文档上更准确，并且具有较低的...

89210

聊聊logback的MarkerFilter

code4it 2023-11-162023-11-16 10:53:59

logback提供了MarkerFilter来支持slf4j的Marker，可以通过MarkerFactory.getMarker获取marker，然后在log...

20050

人人都需掌握的单细胞分群聚类分析&Marker基因的可视化

生信菜鸟团 2023-11-142023-11-14 17:23:07

批量转录组测序可以为组织或细胞系的整体基因表达提供信息但无法解析不同细胞间的异质性问题；单细胞测序则可提供每个单个细胞的基因表达特征，允许研...

1.4K20

聊聊logback的isDebugEnabled

code4it 2023-11-132023-11-13 13:46:00

ch/qos/logback/classic/LoggerContext.java

17730

? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（二）（寻找marker及注释细胞）

生信漫卷 2023-11-012023-11-01 19:35:07

昨天又是不睡觉的一天，晚上还被家属讲了一通，理由是我去急诊了，没有在办公室待着，他老公疼没人去看。?

48320

end motifs分析：血浆DNA End-Motif Profiling as a Fragmentomic Marker

生信菜鸟团 2023-10-082023-10-08 10:16:29

In this work, we hypothesized whether human plasma DNA ends might have a prepond...

24730

python中的pylab模块

狼啸风云 2023-10-072023-10-07 15:02:47

pylab 提供了比较强大的画图功能，但是函数和参数都比较多，很容易搞混。我们平常使用最多的应该是画线了。下面，简单的对一些常用的划线函数进行了封装，方便使用。

20320

胃癌单细胞图谱揭示细胞谱系、肿瘤微环境和特异性转录组表达模式

生信技能树jimmy 2023-09-262023-09-26 20:36:54

作者成功鉴定出一种新型且稀少的细胞类型STF4（只有800多个，占细胞总量的0.4% ）,它与内皮细胞marker（PLVAP）及成纤维细胞marker（RGS...

29620

单细胞转录组揭示了环境性肠病的上皮和免疫细胞特征

生信技能树jimmy 2023-09-262023-09-26 20:30:44

作者进行细胞类型细分后，发现一群表面粘膜细胞（最常见于胃远端的细胞亚群）表达的marker基因和EE 中绒毛高度降低和血浆脂多糖 (LPS) 浓度降低相关。另外...

17710

单细胞转录组揭示了人类新生儿和成人椎间盘的细胞异质性

生信技能树jimmy 2023-09-262023-09-26 20:13:24

差异分析显示，FABP4是新生儿和成人 IVD 中 NC1共有的显著marker基因；AKR1C1是新生儿 IVD 的 NC2 marker基因；APOE的表达...

21510

#marker

FeatureScatter散点图

? CellMarker | 人骨骼肌组织细胞Marker大全！~（强烈建议火速收藏！）

人海绵体单细胞转录组图谱

SCInter——人和小鼠单细胞转录组综合数据库

scanpy和seurat的所有Marker基因可视化方法帮你打包好啦

文献分享——scRNA-seq的细胞亚群注释所用的挑选marker gene的方法比较。

乳腺癌第一层次降维聚类分群复现

Marker 源码解析（二）

Marker 源码解析（一）

转录调控研究遇瓶颈？解读lncRNA信息开辟新思路

—款能将各类文件转换为 Markdown 格式的AI工具—Marker

聊聊logback的MarkerFilter

人人都需掌握的单细胞分群聚类分析&Marker基因的可视化

聊聊logback的isDebugEnabled

? Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（二）（寻找marker及注释细胞）

end motifs分析：血浆DNA End-Motif Profiling as a Fragmentomic Marker

python中的pylab模块

胃癌单细胞图谱揭示细胞谱系、肿瘤微环境和特异性转录组表达模式

单细胞转录组揭示了环境性肠病的上皮和免疫细胞特征

单细胞转录组揭示了人类新生儿和成人椎间盘的细胞异质性

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